La Iglesia Jesuita es una de las iglesias más antiguas de La Valeta , así como una de las más grandes de la diócesis local. En el territorio de la iglesia, además del templo mismo, también hay un colegio. San Ignacio de Loyola , el fundador de la orden de los jesuitas , decidió fundar un colegio en Malta allá por 1553 , pero su aparición no se realizó hasta 1592 , cuando el Papa Clemente VIII dio las instrucciones pertinentes. El 4 de septiembre de 1595, el Gran Maestre de la Orden de los Hospitalarios Martín Garzez colocó la primera piedra de sus cimientos. El colegio jesuita era originalmente eclesiástico, no científico, donde se formaban los candidatos al sacerdocio.
En septiembre de 1634, hubo una gran explosión en los terrenos de la iglesia que causó graves daños tanto al templo como al colegio. El ingeniero militar y arquitecto de la Orden de los Hospitalarios , Francesco Buonamici de Lucca , se hizo cargo de la reconstrucción de la nueva iglesia . La iglesia fue el primer edificio en Malta , cuya construcción fue supervisada por un arquitecto de renombre mundial en ese momento. La fachada de la iglesia es de estilo barroco , mientras que el interior es de orden dórico .
Los jesuitas dirigieron el colegio hasta 1798 , cuando el Gran Maestre Manuel Pinto da Fronseca tuvo que abandonar la isla debido a la ocupación francesa. Con los años, el colegio reanudó sus actividades y se hizo conocido como la Universidad de Malta.