La genómica computacional utiliza el análisis computacional para descifrar las secuencias del genoma y los datos relacionados [1] , incluidas las secuencias de ADN y ARN . Además, la genómica computacional se puede definir como una rama de la bioinformática , pero con la diferencia de que se presta atención al análisis de genomas completos (en lugar de genes individuales) para comprender los principios de cómo varios ADN controlan un organismo a nivel molecular. [2] .
La genómica computacional comenzó su desarrollo simultáneamente con la bioinformática. En la década de 1960, Margaret Dayhoff y otros en la Fundación Nacional de Investigación Biomédica crearon bases de datos de varias secuencias de proteínas para la investigación evolutiva [3] . Su estudio construyó un árbol filogenético que determinó los cambios necesarios para que una proteína en particular evolucione a otra proteína. Esto condujo a la creación de una matriz de sustitución que evalúa la probabilidad de que una proteína se una a otra.
A partir de la década de 1980, comenzaron a surgir bases de datos de secuencias genómicas, pero surgieron nuevos desafíos para encontrar y comparar datos sobre genes individuales. A diferencia de los algoritmos de búsqueda de texto que se utilizan en los sitios web, cuando se busca similitud genética, es necesario identificar secuencias que no son necesariamente idénticas, sino simplemente similares. Esto condujo a la aparición del algoritmo de Needleman-Wunsch , que es un algoritmo de programación dinámica para comparar conjuntos de secuencias de aminoácidos entre sí utilizando matrices de sustitución obtenidas en un estudio anterior de M. Deyhoff. Más tarde apareció el algoritmo BLAST , que permite realizar búsquedas rápidas y optimizadas en bases de datos de secuencias de genes. BLAST y sus modificaciones se encuentran entre los algoritmos más utilizados para este fin [4] .
La aparición de la frase "genómica computacional" coincide con la aparición de genomas anotados completos en la segunda mitad de la década de 1990. La primera conferencia anual sobre genómica computacional fue organizada por científicos del Instituto de Investigación Genómica (TIGR) en 1998, proporcionando un foro para esta especialidad y distinguiendo efectivamente este campo de la ciencia de los campos más generales de la genómica o la biología computacional [5] [ 6] . Por primera vez en la literatura científica, este término, según MEDLINE , se utilizó un año antes (en la revista Nucleic Acids Research [7] ).