La nucleasa microcócica es una enzima cuya propiedad principal es la capacidad de romper la estructura primaria de los ácidos nucleicos, en particular el ADN , en las áreas entre los nucleosomas .
En otras palabras, la nucleasa microcócica separa los nucleosomas entre sí, destruyendo la región de ADN que los conecta, pero sin afectar la región de ADN directamente asociada con las proteínas histonas .
Las preparaciones de nucleasas microcócicas se utilizan en biología molecular para estudiar moléculas de ADN cromosómico.