La confusión es un factor que amenaza la validez interna , que consiste en el hecho de que la variable dependiente suele estar influenciada por varios estímulos irrelevantes , de los que es fundamentalmente imposible deshacerse de ellos. La tarea del investigador es determinar el grado de influencia de estos estímulos sobre la variable dependiente para estar seguro del efecto sobre ella de un cambio en la variable independiente de interés para el experimentador .
Al estudiar la influencia de diferentes partes del cerebro en el comportamiento de los animales , el solo hecho de someterse a una operación para extirpar la parte correspondiente puede cambiar el comportamiento del animal de experimentación (por ejemplo, el experimento de Gaffan ).