El tercer período de desarrollo de la biogeografía se caracteriza por enormes adquisiciones científicas en el campo de la historia natural. Una profunda conciencia de los datos florístico-faunísticos y paleontológicos ya no encaja en la cosmovisión bíblica sobre la creación del mundo. Nuevos hallazgos paleontológicos atestiguan la mejora de los seres vivos desde las capas geológicas más antiguas a las modernas en las que fueron descubiertos. La ausencia de algunos eslabones en esta cadena se convirtió en la base para el surgimiento de un compromiso entre las cosmovisiones religiosa y científica de la teoría de las catástrofes. Se basa en el hecho de que el creador en cada epopeya geológica crea un mundo orgánico especial para él, que después de cierto tiempo lo destruye por los pecados. Después de eso, comienza un nuevo acto de creación y las criaturas muertas son reemplazadas por otras nuevas, mejoradas. Durante la existencia de la vida en la Tierra, esto se repitió varias veces.
La teoría de las catástrofes se ha formado a lo largo de varias décadas, pero el zoólogo y paleontólogo francés J. Cuvier es considerado su autor. En este período, el desarrollo de la biología y la geografía continuó bajo la influencia de la teoría de las catástrofes, que los seguidores de J. Cuvier llevaron al punto del absurdo. Con el tiempo, cuando se encontraron los eslabones perdidos del árbol de la vida, no hubo necesidad de explicar la teoría de la evolución del mundo orgánico.
El tercer período es conocido por los trabajos del científico alemán O. Humboldt. En 1799 - 1804 . él, junto con el francés E. Bonpland, exploró la naturaleza de América Central y del Sur. El resultado de esta expedición fue la obra de 30 volúmenes Viaje a las Regiones Iguales del Nuevo Mundo . 16 volúmenes, que está dedicado al estudio de las plantas y animales de este subcontinente. La sistematización propia y del material recopilado por sus antecesores permitió comprender el cuadro general de la distribución de los organismos vivos en las llanuras y sistemas montañosos. A. Humboldt determinó la dependencia de la distribución de varios tipos de vegetación de las condiciones naturales y, sobre todo, del clima. Explicó la idea sobre la difusión de la zonalidad latitudinal en función de las isotermas correspondientes, sentó las bases de la doctrina de los centros de origen de las plantas cultivadas, que en el siglo XX. continuó desarrollando el científico ruso N. Vavilov . Humboldt sentó las bases de la doctrina de las agrupaciones de plantas - fitocenosis , que se formó en períodos posteriores, así como la doctrina de las formas de vida de las plantas.
Entre los trabajos regionales de este período, podemos nombrar el trabajo de 4 volúmenes de C. Ledebour Flora de Rusia, que describe más de 6,5 mil especies de plantas vasculares, incluidas 400 especies nuevas. Entre los trabajos de la dirección histórica, cabe destacar a los científicos suizos O. (padre) y A. Dekandolev. El padre propuso una morfología comparativa (homología) de las plantas y preparó un trabajo de 7 volúmenes Entrada en el sistema natural del reino vegetal , que fue continuado por su hijo: 8-17 volúmenes.
La dirección ecológica en biogeografía fue desarrollada por el profesor de la Universidad de Moscú K. Rul'e , quien es considerado uno de los fundadores de la ecología y la paleontología evolutiva. Su alumno M. Severtsov escribió la primera monografía ecológica Fenómenos periódicos en la vida de animales, aves y reptiles de la provincia de Voronezh, en la que explicó la influencia de las condiciones físicas y geográficas en los procesos de migración, reproducción, asentamiento, etc. rastreando la conexión entre el mundo animal y los paisajes de estepa-bosque. El principio del actualismo y el historicismo hizo posible explicar ideas sobre la influencia de los factores ambientales en el cambio en los organismos vivos. Este científico es considerado el autor de la primera enseñanza holística sobre la vida silvestre. Simultáneamente con G. Treviranus, introdujo el término biología en el uso científico . Los trabajos de J. Lamarck jugaron un papel positivo en el hecho de que la teoría de las catástrofes comenzó a perder su significado.
Esto significa que el tercer período en la historia del desarrollo de la biogeografía se caracteriza por sentar las bases para el desarrollo de las principales áreas de la ciencia, la introducción y refutación de la teoría de las catástrofes y la preparación de las bases para explicar la teoría evolutiva del desarrollo de la vida en la Tierra.