La bandera de la República Popular de Zanzíbar y Pemba es una bandera que consta de tres líneas horizontales: parte superior azul (o azul claro), centro negro y parte inferior verde. Los colores de la bandera se pueden explicar de la siguiente manera: azul (azul) son las aguas del Océano Índico que lavan el archipiélago (además de Zanzíbar y Pemba, hay docenas de islas pequeñas en el archipiélago), el negro es la población de las islas, dado que la mayoría de la población de las islas son africanos, verde es la rica vegetación de las islas y la fe islámica practicada por la mayoría de la población.
Hubo propuestas para agregar dos estrellas blancas de cinco puntas a la bandera, que simbolizaban las islas que componían el estado, pero no fue aprobada.
Después de la unificación de la República Popular de Zanzíbar y Pemba con la República de Tanganica en octubre de 1964 en la República Unida de Tanzania , se cambió la bandera: se agregó la Bandera Nacional de Tanzania a la franja azul superior (azul), más cerca de la asta de bandera, que enfatizaba la propiedad de las islas de Tanzania y la subordinación a ella. Esta bandera todavía existe hoy.