Los pigmentos auxiliares son compuestos de organismos fotosintéticos que absorben la luz y funcionan en combinación con la clorofila a , realizando una función de captación o protección de la luz. Estos incluyen varias formas de clorofila, como la clorofila b en las algas verdes y las antenas captadoras de luz de las plantas superiores, o las clorofilas c o d en otras algas. Además, existen muchos otros pigmentos accesorios como los carotenoides o las ficobiliproteínas que también absorben la luz y transmiten su energía . sobre el pigmento principal del fotosistema. Algunos de estos pigmentos accesorios, en particular los carotenoides, sirven para absorber y disipar el exceso de energía luminosa y son antioxidantes .
Las clorofilas y los pigmentos asociados con los fotosistemas tienen diferentes espectros de absorción , porque los espectros de las diferentes clorofilas se modifican por su entorno proteico local o porque los pigmentos accesorios tienen diferencias estructurales significativas. Como resultado, en condiciones naturales , el espectro de absorción combinado de todos los pigmentos es más amplio que el espectro de absorción de cada uno de ellos por separado. Esto permite que las plantas y las algas absorban una mayor variedad de radiación visible e infrarroja . La mayoría de los organismos fotosintéticos no absorben la luz verde, por lo que bajo un dosel de hojas en un bosque o bajo una capa de agua rica en plancton, predomina la luz verde. Este efecto espectral se llama la "ventana verde". Algunos organismos, como las cianobacterias y las algas rojas , contienen pigmentos accesorios llamados ficobiliproteínas , que les permiten absorber la luz verde que penetra profundamente en su hábitat.
En los ecosistemas acuáticos, la principal influencia en el espectro es la absorción de agua junto con la materia orgánica disuelta en ella. Esto determina los principales nichos ecológicos para los organismos fototróficos . Seis hombros (desintegraciones de absorción) en el espectro de absorción del agua a longitudes de onda entre 400 y 1100 nm corresponden a por lo menos veinte especies diferentes de bacterias fototróficas. Otro efecto se debe a la tendencia general del agua a absorber la luz de baja frecuencia , mientras que los compuestos orgánicos absorben la luz de alta frecuencia. Esta es la razón por la cual el océano abierto aparece azul y es rico en especies fototróficas de color amarillo como Prochlorococcus , que contiene divinil-clorofila a y b . Synechococcus es coloreado de rojo por la ficoeritrina y se adapta a las condiciones costeras, mientras que la ficocianina permite que estas cianobacterias prosperen en aguas más oscuras [1] .