Acidobacterias

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acidobacterias
Miembro del género Acidobacterium
clasificación cientifica
Dominio:bacteriasTipo de:acidobacterias
nombre científico internacional
Acidobacteria Thrash y Coates 2012
Sistemática en Wikiespecies Imágenes en Wikimedia Commons ES   956098 NCBI   57723 EOL   7916 FW   325146

Acidobacteria  (lat.) - un tipo de bacteria . Los representantes del tipo están muy extendidos y tienen un metabolismo diverso , especialmente muchos de ellos se encuentran en el suelo . Sin embargo, solo unos pocos representantes lograron cultivar [1] [2] [3] .

El primer representante del tipo, Acidobacterium capsulatum , fue descrito en 1991 [4] . Sin embargo, las acidobacterias se aislaron como un tipo independiente recién en 2012 [5] .

Descripción

Las acidobacterias son fisiológicamente diversas y se pueden encontrar en una amplia variedad de hábitats: suelo (incluido el suelo contaminado con metales ), aguas termales , océanos, cuevas [6] . Muchos representantes de Acidobacteria son acidófilos , incluida la primera especie descrita, Acidobacterium capsulatum [7] . Especies recientemente descritas del tipo Acidobacteria : Holophaga foetida [8] , Geothrix fermentans [9] , Acanthopleuribacter pedis [10] y Bryobacter aggregatus [11] son ​​extremadamente numerosas en los suelos, por lo que pueden jugar un papel importante en muchos ecosistemas [ 12 ] . Sin embargo, la mayoría de los representantes de Acidobacteria son prácticamente imposibles de cultivar, por lo que su fisiología y ecología son poco conocidas [2] . Se encontró ADN de dos bacterias no clasificadas del filo Acidobacteria en kits de extracción de ADN, lo que podría sesgar los datos de composición de la metagenómica y la microbiota [13] .

Filogenia

El siguiente árbol filogenético representa la filogenia de las Acidobacterias según la Lista de nombres procarióticos con posición en la nomenclatura (LPSN) [14] [15] . El árbol filogenético se construyó a partir de secuencias de ARNr 16S proporcionadas por The All-Species Living Tree Project [16] .

acidobacterias

holofagales Acanthopleuribacteraceae Acanthopleuribacter pedis Fukunaga et al. 2008   Holofagáceas   Geothrix fermentans Coates et al. 1999     Holophaga foetida Liesack et al. 1995         " Solibacteres "   Bryobacter aggregatus Kulichevskaya et al. 2010     Paludibaculum fermentans Kulichevskaya et al. 2014     Acidobacteriaceae     Acidobacterium capsulatum Kishimoto et al. 1991       Telmatobacter bradus Pankratov y Dedysh 2012   Acidicapsa   A. borealis Kulichevskaya et al. 2012(especie tipo)     A. ligni Kulichevskaya et al. 2012               Bryocella elongata Dedysh et al. 2012   edafobacter   E. agregans Koch et al. 2008 enmienda. Dedysh et al. 2012     E. modestus Koch et al. 2008(especie tipo)           "Granulicella" mallensis Männistö et al. 2012     terriglóbus   T. aquaticus Baik et al. 2013       T. roseus Eihorst et al. 2007 (especie tipo)       T. saanensis Männistö et al. 2011     T. tenax Whang et al. 2014         granulicela     G. cerasi Yamada et al. 2014     G. paludicola Pankratov y Dedysh 2010 (especie tipo)         G. pectinivorans Pankratov y Dedysh 2010       G. sapmiensis Männistö et al. 2012       G. addedns Pankratov y Dedysh 2010       G. tundricola Männistö et al. 2012       G. arctica Männistö et al. 2012     G. rosea Pankratov y Dedysh 2010

Notas:
♠ Cepas enumeradas en NCBI pero no en LSPN.

Notas

1. ↑ Barns SM , Cain EC , Sommerville L. , Kuske CR Las secuencias del filo Acidobacteria en sedimentos del subsuelo contaminados con uranio amplían enormemente la diversidad conocida dentro del filo.  (Inglés)  // Microbiología Aplicada y Ambiental. - 2007. - mayo ( vol. 73 , n. 9 ). - Pág. 3113-3116 . -doi : 10.1128/ AEM.02012-06 . —PMID 17337544 .
2. ↑ 1 2 Quaiser A. , Ochsenreiter T. , Lanz C. , Schuster SC , Treusch AH , Eck J. , Schleper C. Las acidobacterias forman un grupo coherente pero muy diverso dentro del dominio bacteriano: evidencia de la genómica ambiental.  (Inglés)  // Microbiología Molecular. - 2003. - Octubre ( vol. 50 , no. 2 ). - pág. 563-575 . — PMID 14617179 .
3. ↑ Rappé MS , Giovannoni SJ La mayoría microbiana no cultivada.  (inglés)  // Revisión anual de microbiología. - 2003. - vol. 57 . - Pág. 369-394 . -doi : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759 . — PMID 14527284 .
4. ↑ Kishimoto Noriaki , Kosako Yoshimasa , Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: Una bacteria quimioorganotrófica acidófila que contiene menaquinona de un ambiente mineral ácido  (inglés)  // Current Microbiology. - 1991. - enero ( vol. 22 , n. 1 ). - P. 1-7 . — ISSN 0343-8651 . -doi : 10.1007/ BF02106205 .
5. ↑ Lista de nuevos nombres y nuevas combinaciones previamente publicadas de manera efectiva, pero no válida - Lista de Validación No. 143  (inglés)  // REVISTA INTERNACIONAL DE MICROBIOLOGÍA SISTEMÁTICA Y EVOLUTIVA. - 2012. - 1 de abril ( vol. 62 , no. Pt 4 ). - Pág. 1016-1016 . — ISSN 1466-5026 . -doi : 10.1099/ ijs.0.68147-0 .
6. ↑ Thrash J. Cameron , Coates John D. Acidobacteria phyl. nov.  (Inglés)  // Manual de Bergey de Sistemática de Archaea y Bacteria. - 2015. - 14 de septiembre. - P. 1-5 . — ISBN 9781118960608 . -doi : 10.1002/ 9781118960608.pbm00001 .
7. ↑ Kuske CR , Barns SM , Busch JD Diversos grupos bacterianos no cultivados de suelos del árido suroeste de los Estados Unidos que están presentes en muchas regiones geográficas.  (Inglés)  // Microbiología Aplicada y Ambiental. - 1997. - Septiembre ( vol. 63 , núm. 9 ). - Pág. 3614-3621 . —PMID 9293013 .
8. ↑ Liesack W. , Bak F. , Kreft JU , Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., una nueva bacteria homoacetogénica que degrada compuestos aromáticos metoxilados.  (Inglés)  // Archivos de Microbiología. - 1994. - vol. 162 , núm. 1-2 . - P. 85-90 . —PMID 8085918 .
9. ↑ Coates JD , Ellis DJ , Gaw CV , Lovley DR Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., una nueva bacteria reductora de Fe (III) de un acuífero contaminado con hidrocarburos.  (Inglés)  // Revista Internacional de Bacteriología Sistemática. - 1999. - Octubre ( vol. 49 Pt 4 ). - Pág. 1615-1622 . -doi : 10.1099 / 00207713-49-4-1615 . —PMID 10555343 .
10. ↑ Fukunaga Y. , Kurahashi M. , Yanagi K. , Yokota A. , Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., una bacteria marina aislada de un quitón, y descripción de Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holófagales ord. nov. y Holophagae classis nov. en el filo 'Acidobacteria'.  (inglés)  // Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva. - 2008. - noviembre ( vol. 58 , no. Pt 11 ). - Pág. 2597-2601 . -doi : 10.1099/ ijs.0.65589-0 . —PMID 18984699 .
11. ↑ Kulichevskaya IS , Suzina NE , Liesack W. , Dedysh SN Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., un quimio-organótrofo aeróbico que habita en la turba de la subdivisión 3 de las Acidobacterias.  (inglés)  // Revista internacional de microbiología sistemática y evolutiva. - 2010. - febrero ( vol. 60 , no. Pt 2 ). - P. 301-306 . -doi : 10.1099/ ijs.0.013250-0 . —PMID 19651730 .
12. ↑ Eichorst SA , Breznak JA , Schmidt TM Aislamiento y caracterización de bacterias del suelo que definen a Terriglobus gen. nov., en el filo Acidobacteria.  (Inglés)  // Microbiología Aplicada y Ambiental. - 2007. - abril ( vol. 73 , n. 8 ). - Pág. 2708-2717 . -doi : 10.1128/ AEM.02140-06 . — PMID 17293520 .
13. ↑ Salter SJ , Cox MJ , Turek EM , Calus ST , Cookson WO , Moffatt MF , Turner P. , Parkhill J. , Loman NJ , Walker AW La contaminación de reactivos y laboratorios puede tener un impacto crítico en los análisis de microbiomas basados ​​en secuencias.  (Inglés)  // BMC Biología. - 2014. - 12 de noviembre ( vol. 12 ). - P. 87-87 . doi : 10.1186 / s12915-014-0087-z . — PMID 25387460 .
14. ↑ JP Euzeby. Acidobacteria (enlace no disponible) . Consultado el 9 de septiembre de 2016. Archivado desde el original el 27 de enero de 2013. (indefinido) 
15. ↑ Sayers. Navegador de taxonomías NCBI . Centro Nacional de Información Biotecnológica. Consultado el 9 de septiembre de 2016. Archivado desde el original el 25 de febrero de 2018. (indefinido)
16. ↑ 16S rRNA-based LTP release 123 (árbol completo) (enlace descendente) . Base de datos integral de ARN ribosómico Silva. Consultado el 9 de septiembre de 2016. Archivado desde el original el 7 de junio de 2019. (indefinido)