MDGrape-3 es una supercomputadora diseñada para resolver problemas de dinámica molecular , a saber, el modelado del plegamiento de proteínas . En el momento de la puesta en marcha, tenía un rendimiento teórico récord de 1000 billones de operaciones por segundo.
MDGrape-3 fue desarrollado en el instituto de investigación japonés RIKEN ( Yokohama ) con el apoyo técnico de SGI Japón y la división japonesa de Intel .
MDGrape-3 se presentó oficialmente por primera vez el 24 de junio de 2006 .
MDGrape-3 se basa en los procesadores MDGrape- 3 fabricados por Hitachi , que proporcionan un rendimiento de 230 Gflops cada uno. Un módulo de computación contiene 24 procesadores de este tipo, y todo el sistema consta de 201 módulos.
El núcleo de procesamiento principal está alimentado por dos grupos de servidores basados en procesadores Intel: un clúster de 64 servidores paralelos con procesadores de doble núcleo (total de 256 núcleos de procesador) Intel Xeon ( Dempsey ), y otro clúster de 37 servidores (74 de un solo núcleo). procesadores core Xeon de 3,2 GHz). El ensamblaje de todas estas computadoras en un solo sistema masivamente paralelo fue realizado por SGI Japan.
En el momento de la puesta en marcha, MDGrape-3 era casi tres veces más productiva que la “computadora más rápida del planeta”, la estadounidense IBM BlueGene/L , ubicada en el Laboratorio Livermore. Lorenzo _ Sin embargo, debido al hecho de que MDGrape-3 no es una computadora de propósito general, es difícil medir su desempeño usando la prueba de Linpack (resolviendo grandes sistemas de ecuaciones lineales). Y dado que los sistemas de la clasificación mundial de supercomputadoras Top500 continúan clasificándose sobre la base de Linpack , no participa en esta clasificación.