Los bautistas autónomos son iglesias bautistas que surgieron del Consejo de Iglesias del ECB (también conocido como bautistas separados) en las décadas de 1970 y 1980. y registrados con carácter autónomo, no ingresando a la AUCECB . Desde principios de la década de 1990, este concepto se ha ampliado para incluir nuevas comunidades que han surgido como resultado de la actividad misionera y que no han entrado en asociaciones centralizadas.