Diseñador de Ascalaph

Acalaph Designer  es un programa de modelado molecular de propósito general. Proporciona un entorno gráfico para Firefly , CP2K y MDynaMix [1] [2] programas de consola de mecánica cuántica y clásica, y tiene capacidades para la construcción de modelos moleculares, optimización conformacional y dinámica molecular. Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] proporciona una amplia gama de métodos químicos cuánticos.

Características clave

• Construcción de un modelo molecular ( polímeros , nanoestructuras, proteínas , ácidos nucleicos )
• Campos de fuerza AMBER/OPLS
• optimización de la conformación
• dinámica molecular
• química cuántica
• Modelo de agua SPC flexible [6]

Alcance

• Ácidos nucleicos [7]
• Ardillas
• Modelado de membranas lipídicas [8]
• Polielectrolitos [9]
• Líquidos iónicos [10] [11]
• Propiedades termodinámicas de los líquidos [12]
• Desarrollo de campos de fuerza mecánicos moleculares [13]

Notas

1. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix: un paquete de simulación MD paralelo portátil escalable para mezclas moleculares arbitrarias   // Computer Physics Communications : diario. - 2000. - vol. 128 . - Pág. 565-589 .
2. ↑ APLyubartsev, A.Laaksonen. Simulaciones de dinámica molecular paralela de sistemas biomoleculares // Problemas científicos e industriales a gran escala de computación paralela aplicada  (inglés) . - Heidelberg: Springer Berlín , 1998. - Vol. 1541. - Pág. 296-303. — (Apuntes de clase en informática). — ISBN 978-3-540-65414-8 . -doi : 10.1007/ BFb0095310 .
3. ↑ Computational Chemistry , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Apéndice AA2.3 pg 334, GAMESS
4. ↑ MW Schmidt et al. Sistema General de Estructura Electrónica Atómica y Molecular  (Inglés)  // J. Comput. química : diario. - 1993. - vol. 14 _ - P. 1347-1363 . -doi : 10.1002/ jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon y MW Schmidt, Avances en la teoría de la estructura electrónica: GAMESS una década después , en Teoría y aplicaciones de la química computacional, los primeros 40 años , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim y GE Scusaria, Elsevier, Ámsterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K y Rahman A. Estudio de dinámica molecular de los movimientos atómicos en el agua  // Physical Review B  : revista  . - 1985. - vol. 31 . - Pág. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev y L. Nordenskiöld. Similitudes y diferencias en la interacción de K + y Na + con el ADN ordenado condensado. Un estudio de simulación por computadora de dinámica molecular  // Investigación de ácidos  nucleicos : diario. - 2006. - vol. 34 . - P. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin y A. P. Lyubartsev. Modificación del campo de fuerza CHARMM para la bicapa lipídica de DMPC  //  Journal of Computational Chemistry : diario. - 2008. - Vol. 29 . - P. 2359-2369 .
9. ↑ A. Vishnyakov y AV Neimark. Detalles de la solvatación de polielectrolitos sulfonados en agua, dimetilmetilfosfonato y su mezcla: un estudio de simulación molecular  (inglés)  // Journal of Chemical Physics  : revista. - 2008. - Vol. 128 . — Pág. 164902 .
10. ↑ G. Raabe y J. Köhler. Propiedades termodinámicas y estructurales de líquidos iónicos a base de imidazolio a partir de simulación molecular  (inglés)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Vol. 128 . — Pág. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang y W. Wang. Simulación de dinámica molecular de una mezcla líquida iónica a temperatura ambiente de [bmim][BF 4 ] y acetonitrilo mediante un campo de fuerza refinado   // Phys . química química física : diario. - 2005. - vol. 7 . - Pág. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuznetsova y B. Kvamme. Propiedades termodinámicas y tensión interfacial de un sistema modelo de dióxido de carbono y agua  (inglés)  // Phys. química química física : diario. - 2002. - vol. 4 . - Pág. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nikitin y A. P. Lyubartsev. Un nuevo modelo de acetonitrilo de seis sitios para simulaciones de acetonitrilo líquido y su mezcla acuosa  //  J. Comp. química : diario. - 2007. - vol. 28 . - Pág. 2020-2026 .

Enlaces

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