SIMAP@casa
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SIMAP significa " Matriz de similitud de proteínas ", es una base de datos informática voluntaria de similitudes de proteínas que está disponible gratuitamente para fines científicos. SIMAP usa el algoritmo FASTA para predecir la similitud de proteínas, mientras que otra aplicación usa un modelo oculto de Markov para buscar dominios de proteínas .
SIMAP es un proyecto conjunto de la Universidad Técnica de Munich y el Centro Nacional de Investigación para el Medio Ambiente y la Salud en Neuerberg .
En el cuarto trimestre de 2010, el proyecto se trasladó a la Universidad de Viena .
Desde 2011, los datos SIMAP se han utilizado en la base de datos de interacción proteína-proteína STRING (desde la versión 9.0), en lugar de los datos BLAST realizados para versiones anteriores de STRING [1] [2] .
El proyecto suele emitir asignaciones a principios de cada mes.
El proyecto SIMAP cerró en 2014 . Los desarrolladores anunciaron SIMAP 2.
SIMAP 2
El proyecto calcula la similitud utilizando el algoritmo de Smith-Waterman [3] .
Notas
- ↑ STRING - Interacciones proteína-proteína conocidas y previstas . Consultado el 5 de agosto de 2011. Archivado desde el original el 23 de julio de 2010. (indefinido)
- ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. La base de datos STRING en 2011: redes de interacción funcional de proteínas, globalmente integrado y puntuado.
- ↑ Cálculo de alineación de secuencias en SIMAP 2.0. Archivado desde el original el 11 de enero de 2015.
Literatura
- Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong MD, Stumpflen V., Mewes W. SIMAP—the similarity matrix of proteins, Bioinformatics (Oxford, Inglaterra), 1 de septiembre de 2005. Archivado el 4 de julio de 2008 en Wayback Machine .
- Garcia MC, Sanz-Bobia MA, Picob J. SIMAP: Sistema Inteligente de Mantenimiento Predictivo: Aplicación al monitoreo del estado de salud de una caja de engranajes de aerogeneradores, 2006. (enlace no disponible)
- Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP: estructuración de la red de similitudes de proteínas, 2007
- H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus FX Mayer, Volker Stumpflen y Alexey Antonov. MIPS: bases de datos seleccionadas y recursos completos de datos secundarios en 2010
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