Como órgano ejecutivo y coordinador permanente de la Commonwealth, la carta de la CEI preveía la creación de un Comité Asesor y de Coordinación (CAC) con sede en Minsk . Por decisión de los jefes de gobierno en 1994, el KKK se dividió en dos cuerpos:
Todo el aparato de trabajo del KKK pasó a la CE, mientras que la IEC se basó en el principio de liderazgo colegiado (cada país envió un cierto número de sus representantes a la IEC). Este comité discutió y preparó la parte principal de las decisiones sobre temas económicos de cooperación.
Pero la PI y la IEC no estaban previstas en la carta de la CEI, lo que creó cierta incompletud legal en la estructura organizativa de la Commonwealth. Además, sus funciones no siempre estaban claramente delineadas, lo que conducía a una frecuente duplicación del trabajo.
En abril de 1999, el Consejo de Jefes de Estado decidió reorganizar la estructura de los órganos de la CEI: el CCC y el CEI se transformaron en el Consejo Económico de la CEI con algunos cambios de funciones, y se ampliaron los poderes de la Secretaría Ejecutiva.
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