Las ontologías biomédicas abiertas (OBO, English Open Biomedical Ontologies , anteriormente se usaba el término English Open Biological Ontologies - Open Biological Ontologies ) es una iniciativa de la comunidad científica para desarrollar un aparato conceptual unificado en varias ramas de la biología y la medicina .
El núcleo de la biblioteca de ontologías biomédicas es OBO Foundry [1] , un experimento colaborativo que involucra a un grupo de desarrolladores de ontologías que acordaron un conjunto de principios que resumen las mejores prácticas para el desarrollo de ontologías. Estos principios pretenden promover la interoperabilidad de las ontologías dentro del marco más amplio de las ontologías biomédicas, así como garantizar un aumento gradual de la calidad y el rigor formal en el desarrollo posterior de las ontologías.
El servicio de búsqueda de ontologías [2] es un derivado del proyecto PRIDE que requiere una interfaz centralizada para consultas de ontologías y búsquedas de palabras clave. Aunque muchas ontologías están disponibles en los servicios en línea, cada uno de estos servicios tiene su propio formato de interfaz de consulta y salida. El servicio de búsqueda de ontologías proporciona una interfaz de servicio web para consultar múltiples ontologías desde una sola ubicación con un formato de salida de datos unificado.
El objetivo del Gene Ontology Consortium es crear una base de términos que puedan aplicarse a todos los organismos, siempre que el conocimiento sobre los genes y el papel de las proteínas en las células se acumule y cambie constantemente. La ontología génica admite tres redes estructuradas de términos para describir los atributos de los productos genéticos.
Sequencing Ontology [3] es parte del proyecto Gene Ontology, cuyo objetivo es desarrollar una ontología adecuada para describir secuencias biológicas. Este es el resultado de un esfuerzo de colaboración entre varios centros de investigación genética como WormBase, el Proyecto del Genoma de Drosophila de Berkeley, FlyBase, el grupo de Informática del Genoma del Ratón y el Instituto Sanger.
La base de datos de organismos modelo genéricos (GMOD) es el resultado de un esfuerzo colaborativo de modelado de bases de datos corporales realizado por WormBase, FlyBase, MGI, SGD, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc y TAIR para desarrollar componentes reutilizables para crear nuevas bases de datos biomédicas.
SOFG [4] es un sitio web y una plataforma de comunicación para reunir a biólogos, bioinformáticos e informáticos para desarrollar y utilizar estándares y ontologías, con un enfoque en la descripción de experimentos de alta tecnología en el campo de la genómica.
La comunidad de datos de genómica funcional ( FGED ) es una organización internacional de biólogos, informáticos y analistas que tiene como objetivo promover el intercambio de datos generados a partir de experimentos de genómica funcional.
Ontology for Biomedical Investigations (OBI) es un recurso abierto que reúne ontologías para describir la investigación biológica y clínica. OBI ofrece formatos de estudio, protocolos, formatos de datos y materiales utilizados. El proyecto se desarrolla en el marco de OBO Foundry y, por lo tanto, se adhiere a todos sus principios, en particular la cobertura ortogonal (es decir, una clara distinción entre las ontologías utilizadas) y el uso de lenguajes formales comunes. El lenguaje formal común en OBI es Web Ontology Language (OWL).
El consorcio de ontologías de plantas [5] se centra en la creación, el desarrollo y el intercambio de datos en el campo de las ontologías que describen plantas y estructuras vivas en la etapa de crecimiento/desarrollo. El proyecto facilita la adquisición de datos basada en consultas de bases de datos multidimensionales, facilitando el uso consistente de estas ontologías en la descripción de tejidos, genes, proteínas y fenotipos en la etapa de crecimiento de los organismos.
Phenoscape es un proyecto para crear una base de datos sobre el fenotipo de la especie Osteriophysi (un gran grupo de peces óseos). Los datos se obtienen utilizando descripciones que combinan términos de la ontología de la anatomía, la ontología taxonómica y términos cualitativos de la ontología PATO de cualidades fenotípicas [6] . También se utilizan otras ontologías OBO. La ontología de la anatomía se desarrolló en base a las ontologías de la Red de información de pez cebra. [7]
Gracias a los esfuerzos de la comunidad, se ha desarrollado un estándar de visualización común que permite la conversión de datos del formato OBO a OWL sin pérdidas significativas. [ocho]