El protonotario ( griego : Προτονοταριϊ ) es el primer o principal secretario del tribunal supremo; en el Patriarcado de Constantinopla, la segunda persona después del patriarca . En la Edad Media, el protonotario estaba a cargo del trabajo de oficina del patriarcado, a instancias del patriarca, redactaba textos de decretos dirigidos a dignatarios patriarcales y otras autoridades, informaba casos al patriarca, dos veces al año controlaba las actividades de los abogados que actuaban en nombre de la iglesia y las personas cuyos reclamos se consideraban en los tribunales de la iglesia verificaban la autenticidad y legalidad de los documentos de la iglesia.
Los protonotarios papales o apostólicos forman un collegium (protonotariado) de 12 destacados dignatarios espirituales, que es responsable de los actos solemnes de la iglesia, incl. procedimientos para la canonización de santos, testamentos de cardenales . El protonotariado acompaña al Papa en los viajes fuera del Vaticano .