ImagenJ
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ImageJ es un programa de procesamiento y análisis de imágenes de código abierto . Escrito en Java por el personal de los Institutos Nacionales de Salud [2] y distribuido sin restricciones de licencia en el dominio público . Una API abierta le permite aumentar la funcionalidad de manera flexible a través de complementos, y un lenguaje de macros incorporado automatiza acciones repetitivas complejas [3] . ImageJ se usa ampliamente en investigación biomédica , astronomía , geografía y otras disciplinas de análisis de imágenes como una alternativa al software propietario .
Los complementos de terceros cubren una amplia gama de tareas de análisis y procesamiento de imágenes: permiten la visualización en 3D que va desde células hasta imágenes radiológicas [4] , comparaciones automáticas [5] hasta la creación de sistemas de estudio automatizados, por ejemplo, en hematología . [6] . La arquitectura del plug-in de ImageJ y el sistema de desarrollo incorporado hacen que esta plataforma sea muy popular para trabajar y enseñar análisis y procesamiento de imágenes [7] [8] .
Puede usar ImageJ a través de un subprograma en línea o descargando la aplicación. La aplicación funciona en todos los sistemas operativos para los que existe una versión Java Virtual Machine a partir de la 1.4: Microsoft Windows , Mac OS , Mac OS X , Linux y Sharp Zaurus PDA . El código fuente de ImageJ está disponible gratuitamente [9] .
El ideólogo y desarrollador del proyecto es Wayne Rasband (Sucursal de Servicios de Investigación del Instituto Nacional de Salud Mental).
Características
ImageJ le permite visualizar, editar, analizar, procesar, guardar e imprimir imágenes de 8 bits, 16 bits y 32 bits. El programa puede leer muchos formatos de imagen, en particular, TIFF , PNG , GIF , JPEG , BMP , DICOM , FITS , así como formatos de datos sin procesar. ImageJ admite pilas : una serie de imágenes combinadas en una ventana, y las operaciones intensivas de mano de obra de varios subprocesos se pueden realizar en sistemas multiprocesador en paralelo. En ImageJ, puede calcular el área y las estadísticas de los valores de píxeles de las áreas de la imagen seleccionadas manualmente o mediante funciones de umbral, medir distancias y ángulos. construya histogramas de densidad y dibuje perfiles de línea. ImageJ admite funciones básicas de procesamiento de imágenes, como operaciones lógicas y aritméticas entre imágenes, manipulación de contraste, convoluciones , análisis de Fourier , nitidez, suavizado , detección de bordes y un filtro mediano . El programa te permite realizar transformaciones geométricas : escalado , rotación, reflexión, etc. El número de imágenes utilizadas simultáneamente está limitado únicamente por la cantidad de memoria disponible.
Historia
Antes de ImageJ en 1997, era posible un análisis de imágenes similar con el programa gratuito NIH Image para computadoras Macintosh y sistemas operativos hasta Mac OS X. Su desarrollo fue el programa Image SXM para trabajar con imágenes obtenidas en microscopios de barrido utilizados para investigación física. También se ha desarrollado una versión para Windows , mantenida por Scion Corporation. Ambas versiones todavía están disponibles [10] .
Notas
- ↑ El proyecto de código abierto image_j en Open Hub: página de idiomas - 2006.
- ↑ Collins TJ ImageJ para microscopía // Biotécnicas : diario. - 2007. - Julio ( vol. 43 , no. 1 Supl ). - P. 25-30 . -doi : 10.2144 / 000112517 . —PMID 17936939 .
- ↑ Girish V., Vijayalakshmi A. Análisis de imágenes asequible con NIH Image/ImageJ // Indian J Cancer : diario. - 2004. - vol. 41 , núm. 1 . — Pág. 47 . — PMID 15105580 . Archivado desde el original el 11 de abril de 2011.
- ↑ Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creación de aplicaciones compatibles con DICOM mediante ImageJ (indefinido) // J Digit Imaging. - 2005. - T. 18 , N º 2 . - S. 91-9 . -doi : 10.1007/ s10278-004-1879-4 . — PMID 15827831 .
- ↑ Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. Visualización y comparación de datos AFM/CLSM mediante un conjunto de herramientas de código abierto // Microsc Res Tech : diario. - 2004. - vol. 64 , núm. 2 . - pág. 176-184 . -doi : 10.1002/ jemt.20067 . —PMID 15352089 .
- ↑ Gering E., Atkinson C. Un método rápido para contar eritrocitos nucleados en frotis de sangre teñidos mediante análisis de imágenes digitales // J Parasitol : diario. - 2004. - vol. 90 , núm. 4 . - Pág. 879-881 . - doi : 10.1645/GE-222R . — PMID 15357090 .
- ↑ Burger W., Burge M. Procesamiento de imágenes digitales: un enfoque algorítmico usando Java . - Springer , 2007. - ISBN 1846283795 . Archivado el 17 de mayo de 2014 en Wayback Machine .
- ↑ Dougherty , G. Procesamiento de imágenes digitales para aplicaciones médicas . - Cambridge University Press , 2009. - ISBN 9780521860857 .
- ↑ Rueden CT, Eliceiri KW Enfoques de visualización para datos de imágenes biológicas multidimensionales (italiano) // Biotécnicas : diario. - 2007. - Luglio ( v. 43 , n. 1 Supl ). - P. 31, 33-6 . -doi : 10.2144 / 000112511 . —PMID 17936940 .
- ↑ Imagen NIH: Acerca de . Consultado el 18 de noviembre de 2008. Archivado desde el original el 20 de abril de 2012. (indefinido)
Literatura
- Jurjen Broeke, José María Mateos Pérez, Javier Pascau. Procesamiento de imágenes con ImageJ. - 2ª edición. - Packt Publishing, 2015. - 256 p. — ISBN 978-1-78588-983-7 .
- Boris Shilov, Nikolái Englevski. ImageJ Programa para el estudio de imágenes biomédicas. Guía para el investigador. - LAP Lambert Academic Publishing, 2013. - 312 p. — ISBN 978-3-659-37594-1 .
Enlaces
Distribuciones
Para facilitar la implementación del software, ImageJ también se distribuye como parte de las distribuciones.
- Fiji (un acrónimo recursivo de Fiji es Just ImageJ): la distribución se centra en trabajar con imágenes de ciencias de la vida. Se suministra en formato binario (x86, x86_64) para los principales sistemas operativos (Windows, Linux, MacOS). Contiene complementos preinstalados, herramienta de actualización automática, interfaces para lenguajes de secuencias de comandos (ver Scripting ).
- MBF ImageJ , desarrollado por McMaster Biophotonics Facility. Solo para Windows x86.
Complementos
- Página de inicio del complemento ImageJ
- Proyecto de complemento ImageJ @ Sourceforge.net
- Complementos para imágenes biomédicas Archivado el 15 de enero de 2020 en Wayback Machine .
- Complemento de estabilizador de imagen para ImageJ
- Conjunto de complementos de OptiNav: aeroacústica, histogramas en tiempo real, desconvolución.
- Amplio conjunto de complementos de Gabriel Landini
- Complementos de edición 3D de Albert Cardona.
- Complementos de evaluación de superficies de GCSCA
- TrakEM2: un complemento para la extracción de datos morfológicos, el modelado 3D y la unión, el registro, la edición y la anotación de imágenes.
- Varios complementos de Ulf Dittmer: Expression, HPGLReader, OpenGLExample, Pixellate, Seam Carving, Warp
- Implementación de SIFT por Stephan Saalfeld: Implementación ligera de SIFT bajo GPL, vea más sobre el algoritmo SIFT
- bUnwarpJ de Ignacio Arganda-Carreras: Plugin para registro de imágenes rígido y flexible.
- Complementos de Biomedical Imaging Group (EPFL)
- Enseñanza del procesamiento de imágenes y programación Java Archivado el 6 de julio de 2011 en Wayback Machine con complementos ImageJ
- Reconstrucción de proyección tomográfica como complemento de ImageJ, Universidad París-Sur XI , Orsay
Programa de imágenes NIH