LÁMPARAS

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LÁMPARAS
Tipo de dinámica molecular
Desarrollador Laboratorios Nacionales Sandia
Escrito en C++
Sistema operativo plataforma cruzada
ultima versión Liberación rodante
Licencia GPL
Sitio web lammps.sandia.gov

LAMMPS ( Large -scale A  tomic / M olecular Massively Parallel Simulator ) es un paquete gratuito para dinámica molecular clásica escrito por un grupo de Sandia National Laboratories . El paquete se puede utilizar para cálculos grandes (hasta decenas de millones de átomos [1] ). Para trabajar en sistemas multiprocesador se utiliza la interfaz MPI . El paquete se distribuye bajo la licencia GPL y está disponible como código fuente, así como paquetes compilados para Microsoft Windows y varias distribuciones de Linux.

Características

Es posible compilar una versión paralela de LAMMPS (usa MPI ) y una versión para ejecutarse en modo de procesador único.

LAMMPS es compatible con la mayoría de los potenciales de corto alcance de dos y muchas partículas (potenciales de Lennard-Jones , Morse, Yukawa , EAM, AI-REBO).

Se implementan los métodos de Ewald y PPPM (Partícula-partícula partícula-malla) para calcular fuerzas en sistemas con interacción de Coulomb.

Además de MD, LAMMPS se puede utilizar para realizar cálculos de sistemas mesoscópicos y soluciones coloidales. Para ello se implementan los métodos de peridinámica, DPD (dinámica disipativa de partículas), SRD (dinámica rotacional estocástica).

Uso de listas de vecinos en el cálculo de fuerzas de corto alcance.

Uso de la descomposición espacial en cálculos sobre sistemas multiprocesador.

Es posible escribir configuraciones atómicas en un archivo de texto o binario. La configuración inicial de átomos para el cálculo puede generarse en el programa o leerse desde un archivo binario/de texto.

Hay capacidades integradas para analizar la configuración atómica "sobre la marcha": construir una función de correlación de pares, determinar el número de coordinación, el parámetro de simetría central, etc.

Termostatos incorporados, baróstatos, métodos para agregar fuerzas externas y paredes potenciales.

La capacidad de salida a un formato nativo para el visualizador AtomEye.

Uso de GPUs para cálculo ( tecnología CUDA ). Las GPU solo se pueden usar para los potenciales de Lennard-Jones y Coulomb.

Aplicaciones

El paquete LAMMPS tiene puntos de referencia incorporados que se pueden usar, en particular, para realizar pruebas independientes y determinar el rendimiento de las computadoras personales y sus componentes. [2] , [3]

Notas

  1. A. V. Yanilkin, P. A. Zhilyaev, A. Yu. Kuksin, G. E. Norman, V. V. Pisarev, V. V. Stegailov. Aplicación de supercomputadoras para la simulación de dinámica molecular de procesos en materias condensadas Archivado el 20 de diciembre de 2016 en Wayback Machine // Métodos computacionales y programación. 2010. V.11. págs.111-116
  2. Serguéi Pakhomov. Aplicaciones de dinámica molecular LAMMPS y NAMD como prueba de procesadores y PC Archivado el 21 de marzo de 2018 en Wayback Machine - iXBT
  3. Serguéi Pakhomov. Aplicaciones de ingeniería y cálculo científico como herramientas de prueba de rendimiento de PC Archivado el 21 de marzo de 2018 en Wayback Machine - iXBT

Véase también

Enlaces