Farmacóforo (del griego φάρμακον "droga" y φορός "portador") es un conjunto de características espaciales y electrónicas necesarias para garantizar interacciones supramoleculares óptimas con un objetivo biológico específico , que puede causar (o bloquear) su respuesta biológica [1 ] . El modelo de farmacóforo permite explicar por qué ligandos estructuralmente heterogéneos interactúan con los mismos sitios receptores.
Las características (elementos) de los farmacóforos suelen entenderse como centros de farmacóforos y su disposición mutua en el espacio, necesarios para la manifestación de este tipo de actividad biológica. Los centros típicos de farmacóforos en este caso son regiones hidrofóbicas , anillos aromáticos , donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno , centros aniónicos y catiónicos. Para una descripción más detallada del farmacóforo, a menudo se utilizan volúmenes hidrófobos y excluidos, así como los intervalos permitidos de la orientación espacial de los vectores de enlace de hidrógeno y los planos de anillos aromáticos.
El primer farmacóforo fue construido por Monty Kier en 1967 [2] , y él mismo propuso el término en 1971 [3] [4] . A menudo, este término se atribuye erróneamente a Paul Ehrlich , sin embargo, ni en la fuente comúnmente ofrecida [5] ni en sus otros trabajos, este concepto se menciona o utiliza [4] .
La búsqueda de farmacóforos se usa ampliamente en la detección virtual de bibliotecas de compuestos químicos, especialmente en situaciones en las que se desconoce la estructura del objetivo biológico o el objetivo en sí no está definido. La búsqueda de farmacóforos busca una correspondencia entre la descripción del farmacóforo y las características de las moléculas de la base de datos que se encuentran en conformaciones aceptables .