Bioconductor

bioconductor
Tipo de	bioinformática
Escrito en	R
Sistema operativo	Linux , Mac OS X , Windows
Idiomas de la interfaz	R
ultima versión	3.6
Licencia	Licencia Artística 2.0
Sitio web	bioconductor.org

Bioconductor es un proyecto FLOSS  masivo que proporciona muchos paquetes independientes para la investigación bioinformática. Incluye un conjunto de herramientas para analizar y comprender datos genómicos , nombres de chips anotados, anotaciones de secuencias biológicas, etc., así como los propios datos experimentales.

Utiliza el lenguaje de programación R , gracias al cual admite multiplataforma ( Linux , la mayoría de los sistemas tipo UNIX , Mac OS X , Windows ). Desarrollado y distribuido libre y abiertamente. Los lanzamientos se publican dos veces al año. Tiene una comunidad gratuita activa de desarrolladores y científicos, lo cual es típico de los buenos proyectos de código abierto. Las descripciones del proyecto y sus modificaciones se publican en forma de informe anual [1] .

Actualmente contiene más de 2000 paquetes.

Objetivos del proyecto

Los principales objetivos de Bioconductor son:

• Proporcionar acceso abierto a una amplia gama de potentes métodos estadísticos y gráficos para analizar datos genómicos.
• Facilitar la inclusión de metadatos biológicos en el análisis de datos genómicos, por ejemplo, datos de literatura de PubMed , datos anotados de Entrez .
• Proporcionar una plataforma de software común que permita el rápido desarrollo e implementación de programas extensibles, escalables e interoperables.
• Mayor conocimiento científico mientras se crea documentación de alta calidad para una investigación reproducible.
• Capacitar a investigadores en métodos computacionales y estadísticos para el análisis de datos genómicos.

Historia del proyecto

El proyecto comenzó en 2001 en el Dana Farber Cancer Institute . [2]

Importancia del proyecto

Paquetes

Los tres grupos principales de paquetes son los paquetes gráficos y estadísticos reales ( Software ), los paquetes de anotación ( AnnotationData ) y los datos experimentales ( ExperimentData ).

El número de paquetes en el grupo se indica entre paréntesis.

software (936) Dominio de ensayo (299)

• aCGH(12)
• Ensayos basados ​​en células (38)
• Chip Chip (7)
• CopiaNúmeroVariación(43)
• Isla CpGI (6)
• Metilación del ADN (38)
• matriz de exones (6)
• Expresión Génica (131)
• Variabilidad genética (23)
• SNP (40)
• Transcripción (47)

Cuestión biológica (261)

• Empalme alternativo (7)
• Cobertura (13)
• ExpresiónDiferencial (164)
• Metilación diferencial (8)
• Llamada pico diferencial (1)
• Empalme diferencial (6)
• Predicción Funcional (1)
• Regulación de genes (21)
• Enriquecimiento GeneSet (41)
• GeneTarget(1)
• GenomaAnotación (10)
• Variación Genómica (6)
• Desequilibrio de ligamiento (1)
• MotivoAnotación (3)
• MotifDiscovery (4)
• Enriquecimiento de la red (13)
• Inferencia de red(17)
• Coincidencia de secuencias (17)
• Mutación somática (4)
• Detección de variantes (1)

Infraestructura (186)

• Importación de datos (82)
• Representación de datos(34)
• interfaz gráfica de usuario (19)
• Cliente de terceros (9)

Campo de investigación (193)

• Informática Biomédica (2)
• Biología Celular (20)
• Quimioinformática (3)
• Genómica Funcional (1)
• Genética (96)
• Metabolómica (12)
• Metagenómica (5)
• Proteómica (65)
• Biología de Sistemas (10)

Método Estadístico (261)

• bayesiano (15)
• clasificación (65)
• Agrupación (89)
• Árbol de decisión (7)
• Reducción de dimensión(2)
• Extracción de funciones (2)
• Gráfico Y Red (69)
• HiddenMarkovModel (4)
• Red neuronal (1)
• Componente principal (2)
• Regresión (7)
• Modelos de ecuaciones estructurales (1)
• SupportVectorMachine(1)
• Supervivencia (4)
• Curso de tiempo (29)

Tecnología (591)

• Citometría de flujo (36)

Espectrometría de masas (44) Micromatriz (328)

• Chip sobre chip (1)
• Matriz de metilación(7)
• Micromatriz de ARNm (3)
• Multicanal (3)
• Un canal (68)
• Plataformas Propias (2)
• dos canales (53)

• Ensayo de placa de microtitulación (13)
• qPCR (9)
• SALVIA (9)

Secuenciación (212)

• ChipSeq(40)
• secuencia de ADN (6)
• ExomaSeq (3)
• MetilSeq(10)
• Microbioma (3)
• miARN (4)
• RIPSeq (1)
• secuencia de ARN (76)
• Resecuenciación Dirigida (2)
• Genoma completo (3)

Paso de flujo de trabajo (477)

• Alineación (8)
• Anotación (67)
• Efecto por lotes (5)
• Diseño Experimental (2)
• Comparación Múltiple (76)
• normalización (15)

caminos (69)

• IR (33)

• Preprocesamiento (128)
• Control de calidad (95)
• Redacción de informes (25)

visualización (218)

• red (44)

Datos de anotación(895) Fabricante de chips (374)

• AffymetrixChip (336)
• Chip Agilent (15)
• Chip de iluminación (19)
• Chip INDAC (1)
• Microprocesador de Qiagen (1)
• RNG_MRCChip(2)

Nombre de chip (195)

• adme16code (1)
• g(3)
• ath1121501(3)
• celegans (3)
• drosgenoma1 (3)
• drosófila2 (3)
• código h10k(1)
• código h20k(1)
• hcg110 (3)
• enfoque de hg(3)
• hgu133a (4)
• hgu133a2(4)
• hgu133b(3)
• hgu133plus2 (4)
• hgu95a(3)
• hgu95av2 (4)
• hgu95b (3)
• hgu95c (3)
• hgu95d (3)
• hgu95e (3)
• hguatlas13k (1)
• hgug4100a (1)
• hgug4101a (1)
• hgug4110b (1)
• hgug4111a (1)
• hgug4112a (1)
• hguqiagenv3 (1)
• hi16code(1)
• hs25cresógeno(1)
• hu35ksuba (3)
• hu35ksubb (3)
• hu35ksubc (3)
• hu35ksubd(3)
• hu6800 (3)
• HuO22 (1)
• códigohwg(1)
• illuminahumanv1 (1)
• illuminahumanv2 (1)
• illuminaMousev1 (1)
• illuminaMousev1p1 (1)
• illuminaRatv1 (1)
• indac (1)
• código m10k(1)
• código m20k(1)
• mgu74a (3)
• mgu74av2 (3)
• mgu74b (3)
• mgu74bv2 (3)
• mgu74c (3)
• mgu74cv2 (3)
• mguatlas5k (1)
• mgug4121a (1)
• mgug4122a (1)
• código mi16(1)
• mm24cresógeno(1)
• moe430a (3)
• moe430b (3)
• ratón4302 (4)
• ratón430a2 (4)
• mpedbarray(1)
• mu11ksuba (3)
• mu11ksubb (3)
• Mu15v1 (1)
• mu19ksuba (2)
• mu19ksubb (2)
• mu19ksubc (2)
• Mu22v3 (1)
• codigo mwg(1)
• Noruega981 (1)
• Operon Human V3 (1)
• PartheenMetaData (1)
• pedbarrayv10(1)
• pedbarrayv9 (1)
• código r10k(1)
• rae230a (3)
• rae230b (3)
• rata2302(3)
• rgu34a(3)
• rgu34b(3)
• rgu34c(3)
• rgug4130a (1)
• ri16cod (1)
• rnu34(3)
• Roberts2005Anotación (1)
• rtu34 (3)
• código_rwg(1)
• SHDZ (1)
• u133x3p (3)
• xenopuslaevis (2)
• levadura2 (3)
• ygs98 (4)
• pez cebra (3)

• matriz personalizada (2)

CDF personalizado (16)

• GACustomCDF (16)

Esquema DB personalizado (11)

• GeneCardsCustomSchema (8)

• Anotación Funcional (13)

Organismo (532)

• Anopheles_gambiae (4)
• Apis_mellifera (3)
• Arabidopsis_thaliana (12)
• Bacilo_subtilis (2)
• Bos_tauro (11)
• Caenorhabditis_elegans (10)
• canis_familiaris (12)
• danio_rerio (12)
• Drosophila_melanogaster (15)
• Escherichia_coli (12)
• Gallus_gallus (9)
• Gasterosteus_aculeatus (2)
• Homo_sapiens (201)
• Hordeum_vulgare (2)
• macaca_mulatta (7)
• Mús_músculo (103)
• Oryza_sativa (1)
• Pan_trogloditas (6)
• Plasmodium falciparum (4)
• Pseudomonas_aeruginosa (2)
• Rattus_norvegicus (65)
• Saccharomyces_cerevisiae (18)
• Saccharum_officinarum (2)
• Staphylococcus_aureus (2)
• Sus_scrofa (7)
• Taeniopygia_guttata (2)
• Vitis_vinifera (2)
• Xenopus_laevis (3)
• Xenopus_tropicalis (1)
• Zea_mays (2)

Tipo de paquete (524)

• BSgenoma (69)
• cdf (126)
• Chip DB (155)
• db0 (19)
• InparanoidDb (8)
• MeSHDb (3)
• OrganismoDb (3)
• Base de datos organizativa (19)
• sonda(104)
• SNPlocs (1)
• txdb (17)

Anotación de secuencia (3)

• miARN (3)

Datos del experimento (223) cáncer (35)

• Pecho (2)
• colón (2)
• Riñón (1)
• Leucemia (6)
• Pulmón (1)
• Ovárico (1)

• CHIPchipData(1)
• ChIPseqData(4)
• EcoliData (1)
• Datos de expresión(4)
• feliz mapa (7)
• Datos de secuenciación de alto rendimiento(9)
• VIH(1)
• MassSpectrometryData(7)
• Tejido Normal (3)
• Datos de expresión de ARN (16)
• RNAseqData(19)
• Células madre (1)
• Levadura (10)

Lanzamientos

Los lanzamientos salen dos veces al año, en primavera y otoño. Cada nueva versión requiere la última versión de la distribución R como dependencia .

Versión	fecha de lanzamiento	Número de paquetes (en "Software")	Adiccion
1.0	1 de mayo de 2001	quince	R1.5
1.1	19 de noviembre de 2002	veinte	R1.6
1.2	29 de mayo de 2003	treinta	$ 1.7
1.3	30 de octubre de 2003	49	R1.8
1.4	17 de mayo de 2004	81	$ 1.9
1.5	25 de octubre de 2004	100	R2.0
1.6	18 de mayo de 2005	123	R2.1
1.7	14 de octubre de 2005	141	R2.2
1.8	27 de abril de 2006	172	R2.3
1.9	4 de octubre de 2006	188	R2.4
2.0	26 de abril de 2007	214	R2.5
2.1	8 de octubre de 2007	233	R2.6
2.2	1 de mayo de 2008	260	R2.7
2.3	22 de octubre de 2008	294	R2.8
2.4	21 de abril de 2009	320	R2.9
2.5	28 de octubre de 2009	352	R2.10
2.6	23 de abril de 2010	389	R2.11
2.7	18 de octubre de 2010	418	R2.12
2.8	14 de abril de 2011	466	R2.13
2.9	1 de noviembre de 2011	517	R2.14
2.10	2 de noviembre de 2012	554	R2.15
2.11	3 de octubre de 2012	610	R2.15
2.12	4 de abril de 2013	671	R3.0
2.13	15 de octubre de 2013	749	R3.0
2.14	14 abr 2014	824	R3.1
3.0	14 de octubre de 2014	934	R3.1

Ejemplos de uso

Véase también

• R
• bioinformática
• Biología Computacional
• Métodos computacionales
• Software gratuito y de código abierto
• micromatriz de ADN
• Lista de software de bioinformática de código abierto
• Lista de software de alineación de secuencias
• Affymetrix  es una empresa estadounidense de microarreglos de ADN .

Notas

1. ↑ Informes anuales del proyecto en el sitio web oficial . Consultado el 7 de febrero de 2015. Archivado desde el original el 7 de febrero de 2015. (indefinido)
2. ↑ R. Caballero. [ http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/AnnRep2002.pdf Informe anual de 2002 para el Bioconductor. Proyecto, DFCI]. — 29 de mayo de 2008. Archivado desde el original el 23 de septiembre de 2015.

Enlaces

Sitio web oficial - http://www.bioconductor.org/