Histona desacetilasa 3

Histona desacetilasa 3
Estructuras Disponibles
AP Búsqueda de ortólogos: PDBe , RCSB
Identificadores
SímboloHDAC3  ; HD3; RPD3; RPD3-2
Identificaciones externasOMIM:  605166 MGI :  1343091 HomoloGen :  48250 IUPHAR : ChEMBL : 1829 GeneCards : gen HDAC3
Número CE3.5.1.98
perfil de expresión de ARN
Más información
ortólogos
VistaHumanoRatón
Entrez884115183
ConjuntoENSG00000171720ENSMUSG00000024454
UniProtO15379Q3UM33
RefSeq (ARNm)NM_003883NM_010411
RefSeq (proteína)NP_003874NP_034541
Lugar geométrico (UCSC)Canal 5:
141 – 141.02 Mb
Chr 18:
37.94 – 37.95 Mb
Buscar en PubMed[una][2]

Histona desacetilasa 3 ( Histona  desacetilasa 3 ) es una enzima codificada en humanos por el gen HDAC3 [1] [2] .

Función

Las histonas juegan un papel fundamental en la regulación de la transcripción , el ciclo celular y los procesos de desarrollo. La acetilación/desacetilación de histonas cambia la estructura de los cromosomas y afecta el acceso de los factores de transcripción al ADN . La proteína codificada por este gen pertenece a la familia histona desacetilasa/acuc/APHA. Tiene la funcionalidad de una histona desacetilasa y reprime la transcripción cuando se une a un promotor . Puede estar involucrado en la regulación de la transcripción al unirse al dedo de zinc del factor de transcripción YY1 . Esta proteína también puede regular negativamente la función de p53 y así modular el crecimiento celular y la apoptosis . Este gen se considera un potencial gen supresor de tumores [3] .

Esta enzima está implicada en la coordinación de la homeostasis intestinal dependiente de bacterias sinantrópicas cuando se expresa en las células epiteliales intestinales.

Funciones alternativas

Las histonas desacetilasas pueden ser reguladas por factores endógenos, componentes biológicamente activos, inhibidores sintéticos y señales derivadas de bacterias. Los estudios en ratones con una eliminación definitiva de HDAC3 en células epiteliales intestinales (IEC) mostraron una expresión del gen IEC desregulada. En estas deleciones de ratones mutantes, se observaron pérdida de células de Paneth , deterioro de la función IEC y cambios en la composición de las bacterias comensales intestinales. El hecho de que estos efectos negativos no se observaran en ratones estériles indica que los efectos de la deleción solo se observan en presencia de colonización microbiana intestinal. Pero los efectos negativos de las deleciones de HDAC3 no se deben a la presencia de una microbiota alterada, porque las colonias de ratones estériles normales con microflora alterada no mostraron los efectos negativos observados en los mutantes por deleción.

Aunque el mecanismo exacto y los detalles de las señales no se conocen bien, está claro que HDAC3 interactúa con las señales recibidas de las bacterias comensales de la microflora intestinal . Estas interacciones son las encargadas de calibrar las respuestas de las células epiteliales en cuanto a la necesidad de establecer relaciones normales entre el huésped y las células comensales, así como de mantener la homeostasis intestinal [4] [5] [6] [7] .

Organismos modelo

Se utilizaron organismos modelo para estudiar las funciones de HDAC3. Se estableció un linaje tentativo de ratones knockout llamado Hdac3 tm1a(EUCOMM)Wtsi [8] [9] en el marco del programa del Consorcio Internacional de Ratones Knockout , un proyecto de mutagénesis de alto rendimiento para generar y propagar modelos de enfermedades animales para científicos interesados ​​[ 10] [11] [12] .

Machos y hembras se sometieron a un cribado fenotípico estandarizado para determinar las consecuencias de la deleción [13] [14] .

Se realizaron veintiséis pruebas en ratones mutantes y se observaron dos anomalías significativas [13] . No se identificaron embriones mutantes homocigóticos durante el embarazo y, en estudios separados, ninguno sobrevivió hasta el final de la lactancia. Las pruebas restantes se realizaron en ratones adultos mutantes heterocigóticos; no se observaron anormalidades significativas en estos animales [13] .

Interacciones

Se ha demostrado que HDAC3 interactúa con:

Véase también

Notas

  1. Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Caracterización de un ortólogo RPD3 humano, HDAC3   // Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  : revista. - 1998. - Abril ( vol. 95 , núm. 6 ). - Pág. 2795-2800 . -doi : 10.1073 / pnas.95.6.2795 . —PMID 9501169 .
  2. Dangond F., Hafler DA, Tong JK, Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans SR Clonación de visualización  diferencial de una nueva histona desacetilasa humana (HDAC3) ADNc de células inmunitarias activadas por PHA  // Biochem Biophys Res Commun : diario. - 1998. - marzo ( vol. 242 , n. 3 ). - Pág. 648-652 . -doi : 10.1006 / bbrc.1997.8033 . —PMID 9464271 .
  3. Entrez Gene: HDAC3 histona desacetilasa 3 .
  4. Donohoe DR, Bultman SJ Metaboloepigenética: interrelaciones entre el metabolismo energético y el control epigenético de la expresión génica  //  J. Cell. fisiol. : diario. - 2012. - vol. 227 , núm. 9 _ - Pág. 3169-3177 . -doi : 10.1002/ jcp.24054 . —PMID 22261928 .
  5. Haberland M., Montgomery RL, Olson EN Las muchas funciones de las histonas desacetilasas en el desarrollo y la fisiología: implicaciones para la enfermedad y la terapia   // Nat . Rvdo. Gineta.  : diario. - 2009. - Vol. 10 , núm. 1 . - P. 32-42 . -doi : 10.1038/ nrg2485 . — PMID 19065135 .
  6. Kim GW, Gocevski G., Wu CJ, Yang XJ Modulación dietética, metabólica y potencialmente ambiental de la maquinaria de acetilación de lisina  //  Int J Cell Biol: revista. - 2010. - Vol. 2010 . — Pág. 632739 . -doi : 10.1155 / 2010/632739 . —PMID 20976254 .
  7. Dashwood RH, Ho E. Inhibidores dietéticos de histona desacetilasa: de células a ratones a hombre   // Semin . biología del cáncer. : diario. - 2007. - vol. 17 , núm. 5 . - Pág. 363-369 . -doi : 10.1016/ j.semcancer.2007.04.001 . —PMID 17555985 .
  8. International Knockout Mouse Consortium (enlace no disponible) . Consultado el 25 de mayo de 2015. Archivado desde el original el 20 de marzo de 2012. 
  9. Informática del genoma del ratón . Consultado el 25 de mayo de 2015. Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2015.
  10. Skarnes WC, Rosen B., West AP, Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica AO, Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong PJ, Stewart AF, Bradley A. Un recurso de eliminación condicional para el estudio de la función del gen del ratón en todo el genoma  //  Nature: journal. - 2011. - vol. 474 , núm. 7351 . - P. 337-342 . -doi : 10.1038/ naturaleza10163 . — PMID 21677750 .
  11. ↑ La biblioteca de Dolgin E. Mouse será eliminada   // Nature . - 2011. - junio ( vol. 474 , no. 7351 ). - pág. 262-263 . -doi : 10.1038/ 474262a . —PMID 21677718 .
  12. Collins FS, Rossant J., Wurst W. Un ratón por todas las razones   // Cell . - Cell Press , 2007. - Enero ( vol. 128 , no. 1 ). - Pág. 9-13 . -doi : 10.1016 / j.cell.2006.12.018 . — PMID 17218247 .
  13. 1 2 3 Gerdin AK Programa de genética de ratones Sanger: Caracterización de alto rendimiento de ratones knockout  //  Acta Ophthalmologica : diario. - 2010. - Vol. 88 , núm. S248 . -doi : 10.1111/ j.1755-3768.2010.4142.x .
  14. van der Weyden L., White JK, Adams DJ, Logan DW El conjunto de herramientas de la genética del ratón: revelando la función y el mecanismo. (Inglés)  // Genoma Biol : diario. - 2011. - vol. 12 , núm. 6 _ — Pág. 224 . -doi : 10.1186 / gb-2011-12-6-224 . —PMID 21722353 .
  15. Hoogeveen AT, Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. El correpresor transcripcional MTG16a contiene una nueva secuencia de orientación nucleolar alterada en t (16; 21) -positivo mieloides malignos  (inglés)  // Oncogene : diario. - 2002. - Septiembre ( vol. 21 , no. 43 ). - Pág. 6703-6712 . -doi : 10.1038 / sj.onc.1205882 . — PMID 12242670 .
  16. Amann JM, Nip J., Strom DK, Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing JR, Meyers S., Hiebert SW ETO, un objetivo de t(8;21) en la leucemia aguda, establece distintos contactos con múltiples histonas desacetilasas y se une a mSin3A a través de su dominio de oligomerización   // Mol . célula. Biol. : diario. - 2001. - Octubre ( vol. 21 , no. 19 ). - Pág. 6470-6483 . -doi : 10.1128/ MCB.21.19.6470-6483.2001 . —PMID 11533236 .
  17. Petre-Draviam CE, Williams EB, Burd CJ, Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl JA, Knudsen KE Un dominio central de la ciclina D1 media en la  actividad del correpresor del receptor nuclear //  Oncogén : diario. - 2005. - enero ( vol. 24 , no. 3 ). - Pág. 431-444 . -doi : 10.1038 / sj.onc.1208200 . —PMID 15558026 .
  18. Lin HM, Zhao L., Cheng SY La ciclina D1 es un correpresor independiente de ligandos para los receptores de hormonas tiroideas  //  J. Biol. química  : diario. - 2002. - agosto ( vol. 277 , n. 32 ). - P. 28733-28741 . -doi : 10.1074/ jbc.M203380200 . —PMID 12048199 .
  19. Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Interacción alterada de HDAC5 con GATA-1 durante la   diferenciación celular MEL // Oncogén : diario. - 2003. - diciembre ( vol. 22 , no. 57 ). - Pág. 9176-9184 . -doi : 10.1038 / sj.onc.1206902 . — PMID 14668799 .
  20. Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. La histona desacetilasa 3 se asocia con el factor de transcripción GATA   -2 y lo reprime // Sangre : diario. — Sociedad Americana de Hematología, 2001. - Octubre ( vol. 98 , núm. 7 ). - Pág. 2116-2123 . -doi : 10.1182/ sangre.V98.7.2116 . —PMID 11567998 .
  21. 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait BT, Roeder RG El complejo correpresor del receptor nuclear N-CoR-HDAC3 inhibe la vía JNK a través de la subunidad integral GPS2   // Mol . célula : diario. - 2002. - marzo ( vol. 9 , no. 3 ). - Pág. 611-623 . - doi : 10.1016/S1097-2765(02)00468-9 . —PMID 11931768 .
  22. Wen YD, Cress WD, Roy AL, Seto E. La histona desacetilasa 3 se une y regula el factor de transcripción multifuncional TFII-I  //  J. Biol. química  : diario. - 2003. - enero ( vol. 278 , n. 3 ). - Pág. 1841-1847 . -doi : 10.1074/ jbc.M206528200 . —PMID 12393887 .
  23. Tussié-Luna MI, Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle FH, Roy AL Interacciones físicas y funcionales de histona desacetilasa 3 con proteínas de la familia TFII-I y PIASxbeta  //  Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  : diario. - 2002. - Octubre ( vol. 99 , no. 20 ). - Pág. 12807-12812 . -doi : 10.1073/ pnas.192464499 . — PMID 12239342 .
  24. 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E. La actividad de la histona desacetilasa HDAC7 humana está asociada con HDAC3 in vivo  //  J. Biol. química  : diario. - 2001. - Septiembre ( vol. 276 , n. 38 ). - Pág. 35826-35835 . -doi : 10.1074/ jbc.M104935200 . —PMID 11466315 .
  25. 1 2 Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL Tres proteínas definen una clase de histona desacetilasas humanas relacionadas con la levadura Hda1p  // Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  : revista  . - 1999. - Abril ( vol. 96 , núm. 9 ). - Pág. 4868-4873 . -doi : 10.1073/ pnas.96.9.4868 . —PMID 10220385 .
  26. 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E. La actividad enzimática asociada con las HDAC de clase II depende de un complejo multiproteico que contiene HDAC3 y SMRT/N-CoR  (Inglés)  // Mol. célula : diario. - 2002. - enero ( vol. 9 , no. 1 ). - Pág. 45-57 . - doi : 10.1016/S1097-2765(01)00429-4 . —PMID 11804585 .
  27. 1 2 Grozinger CM, Schreiber SL Regulación de la histona desacetilasa 4 y 5 y actividad transcripcional por localización celular dependiente de 14-3-3  // Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  : revista  . - 2000. - julio ( vol. 97 , no. 14 ). - Pág. 7835-7840 . -doi : 10.1073/ pnas.140199597 . — PMID 10869435 .
  28. Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. El gen de la histona desacetilasa 9 codifica múltiples isoformas de proteínas  //  J. Biol. química  : diario. - 2003. - mayo ( vol. 278 , n. 18 ). - Pág. 16059-16072 . -doi : 10.1074/ jbc.M212935200 . — PMID 12590135 .
  29. Zhou X., Richon VM, Rifkind RA, Marks PA Identificación de un represor transcripcional relacionado con el dominio no catalítico de las histonas desacetilasas 4 y 5  // Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  :  revista. - 2000. - febrero ( vol. 97 , no. 3 ). - P. 1056-1061 . -doi : 10.1073/ pnas.97.3.1056 . —PMID 10655483 .
  30. Baek SH, Ohgi KA, Rose DW, Koo EH, Glass CK, Rosenfeld MG El intercambio de complejos coactivadores Tip60 y correpresores N-CoR vincula la expresión génica por NF-kappaB y la proteína precursora beta-amiloide  // Cell  :  journal. - Cell Press , 2002. - Julio ( vol. 110 , no. 1 ). - Pág. 55-67 . - doi : 10.1016/S0092-8674(02)00809-7 . —PMID 12150997 .
  31. Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histona desacetilasa 3, una histona desacetilasa de clase I, suprime la activación del factor 2 de transcripción activador mediada por MAPK11 y reprime la   expresión del gen TNF / J. Immunol . : diario. - 2004. - Septiembre ( vol. 173 , n. 6 ). - Pág. 3979-3990 . -doi : 10.4049 / jimmunol.173.6.3979 . — PMID 15356147 .
  32. 1 2 3 Yoon HG, Chan DW, Reynolds AB, Qin J., Wong J. N-CoR media la represión dependiente de la metilación del ADN a través de una proteína de unión a metil CpG Kaiso   // Mol . célula : diario. - 2003. - Septiembre ( vol. 12 , no. 3 ). - Pág. 723-734 . -doi : 10.1016/ j.molcel.2003.08.008 . — PMID 14527417 .
  33. 1 2 Yoon HG, Chan DW, Huang ZQ, Li J., Fondell JD, Qin J., Wong J. Purificación y caracterización funcional del complejo N-CoR humano: las funciones de HDAC3, TBL1 y  TBLR1  // EMBO J . : diario. - 2003. - marzo ( vol. 22 , no. 6 ). - P. 1336-1346 . -doi : 10.1093 / emboj/cdg120 . —PMID 12628926 .
  34. 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu JM, Qin J., Wong J. Ambas proteínas correpresoras SMRT y N-CoR existen en grandes complejos de proteínas que contienen   HDAC3 // EMBO J. : diario. - 2000. - Agosto ( vol. 19 , no. 16 ). - Pág. 4342-4350 . -doi : 10.1093 / emboj/19.16.4342 . — PMID 10944117 .
  35. 1 2 Underhill C., Qutob MS, Yee SP, Torchia J. Un  J.//nuevo complejo corepresor de receptor nuclear, N-CoR, contiene componentes del complejo SWI/SNF de mamíferos y el corepresor KAP-1 química  : diario. - 2000. - Diciembre ( vol. 275 , no. 51 ). - Pág. 40463-40470 . -doi : 10.1074/ jbc.M007864200 . —PMID 11013263 .
  36. 1 2 Guenther MG, Lane WS, Fischle W., Verdin E., Lazar MA, Shiekhattar R. Un complejo corepresor SMRT central que contiene HDAC3 y TBL1, una proteína de repetición WD40 vinculada a la sordera  // Genes Dev  .  : diario. - 2000. - mayo ( vol. 14 , n. 9 ). - P. 1048-1057 . —PMID 10809664 .
  37. 1 2 Guenther MG, Yu J., Kao GD, Yen TJ, Lazar MA El ensamblaje del complejo de represión SMRT-histona desacetilasa 3 requiere el complejo de anillo TCP-1  // Genes Dev  .  : diario. - 2002. - diciembre ( vol. 16 , no. 24 ). - Pág. 3130-3135 . -doi : 10.1101/ gad.1037502 . —PMID 12502735 .
  38. 1 2 Franco PJ, Li G., Wei LN Interacción de los dominios de unión al ADN del dedo de zinc del receptor nuclear con la histona desacetilasa   // Mol . célula. Endocrinol. : diario. - 2003. - Agosto ( vol. 206 , n. 1-2 ). - P. 1-12 . - doi : 10.1016/S0303-7207(03)00254-5 . —PMID 12943985 .
  39. Shi Y., Hon M., Evans RM El receptor delta activado por el proliferador de peroxisomas, un integrador de la represión transcripcional y la señalización del receptor nuclear  // Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América  : revista  . - 2002. - marzo ( vol. 99 , no. 5 ). - Pág. 2613-2618 . -doi : 10.1073/ pnas.052707099 . —PMID 11867749 .
  40. Wu WS, Vallian S., Seto E., Yang WM, Edmondson D., Roth S., Chang KS El supresor del crecimiento PML reprime la transcripción al interactuar funcional y físicamente con las histonas desacetilasas   // Mol . célula. Biol. : diario. - 2001. - abril ( vol. 21 , n. 7 ). - P. 2259-2268 . -doi : 10.1128/ MCB.21.7.2259-2268.2001 . — PMID 11259576 .
  41. Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. La histona desacetilasa HDAC3 dirige RbAp48 a la proteína del retinoblastoma  // Nucleic Acids Res  . : diario. - 2001. - Agosto ( vol. 29 , no. 15 ). - Pág. 3131-3136 . doi : 10.1093 / nar/29.15.3131 . —PMID 11470869 .
  42. Fischle W., Verdin E., Greene WC Duración de la acción nuclear de NF-kappaB regulada por acetilación reversible  //  Science: revista. - 2001. - Agosto ( vol. 293 , no. 5535 ). - P. 1653-1657 . -doi : 10.1126 / ciencia.1062374 . —PMID 11533489 .
  43. Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril MB, Miard S., Auwerx J. El complejo retinoblastoma-histona desacetilasa 3 inhibe la diferenciación de PPARgamma y adipocitos  (inglés)  // Dev . célula : diario. - 2002. - Diciembre ( vol. 3 , no. 6 ). - Pág. 903-910 . -doi : 10.1016 / S1534-5807(02)00360-X . —PMID 12479814 .
  44. Lai A., Lee JM, Yang WM, DeCaprio JA, Kaelin WG, Seto E., Branton PE RBP1 recluta actividades de represión dependientes e independientes de histona desacetilasa para las proteínas de la familia del retinoblastoma   // Mol . célula. Biol. : diario. - 1999. - Octubre ( vol. 19 , no. 10 ). - Pág. 6632-6641 . —PMID 10490602 .
  45. Schroeder TM, Kahler RA, Li X., Westendorf JJ La histona desacetilasa 3 interactúa con runx2 para reprimir el promotor de osteocalcina y regular la diferenciación de osteoblastos  //  J. Biol. química  : diario. - 2004. - Octubre ( vol. 279 , no. 40 ). - Pág. 41998-42007 . -doi : 10.1074/ jbc.M403702200 . — PMID 15292260 .
  46. Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Interacción física y funcional entre la histona metil transferasa Suv39H1 y las histona desacetilasas  // Nucleic Acids Res  . : diario. - 2002. - enero ( vol. 30 , no. 2 ). - pág. 475-481 . doi : 10.1093 / nar/30.2.475 . —PMID 11788710 .
  47. Li G., Franco PJ, Wei LN Identificación de dominios de histona desacetilasa-3 que interactúan con el receptor nuclear huérfano TR2   // Biochem . Biografía. Res. común : diario. - 2003. - Octubre ( vol. 310 , no. 2 ). - P. 384-390 . -doi : 10.1016/ j.bbrc.2003.08.145 . —PMID 14521922 .
  48. Franco PJ, Farooqui M., Seto E., Wei LN El receptor nuclear huérfano TR2 interactúa directamente con las histonas desacetilasas de clase I y clase II   // Mol . Endocrinol. : diario. - 2001. - Agosto ( vol. 15 , no. 8 ). - P. 1318-1328 . -doi : 10.1210/ mend.15.8.0682 . — PMID 11463856 .
  49. Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu BE, Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X ., Peng X. Análisis proteómico de proteínas ubiquitinadas en la línea celular de hepatocitos normales células hepáticas Chang  (inglés)  // Proteomics: journal. - 2008. - julio ( vol. 8 , no. 14 ). - Pág. 2885-2896 . -doi : 10.1002/ pmic.200700887 . — PMID 18655026 .
  50. Yang WM, Yao YL, Sun JM, Davie JR, Seto E. Aislamiento y caracterización de ADNc correspondientes a un miembro adicional de la familia de genes de histona desacetilasa humana  //  J. Biol. química  : diario. - 1997. - Octubre ( vol. 272 , núm. 44 ). - P. 28001-28007 . doi : 10.1074 / jbc.272.44.28001 . — PMID 9346952 .
  51. Yao YL, Yang WM, Seto E. Regulación del factor de transcripción YY1 por acetilación y desacetilación   // Mol . célula. Biol. : diario. - 2001. - Septiembre ( vol. 21 , no. 17 ). - Pág. 5979-5991 . -doi : 10.1128/ MCB.21.17.5979-5991.2001 . —PMID 11486036 .

Literatura

Enlaces