El reconocimiento molecular es la unión selectiva entre dos o más moléculas a través de interacciones no covalentes .
El reconocimiento molecular es uno de los conceptos básicos de la química supramolecular . Se diferencia de la unión ordinaria entre moléculas por la selectividad. El reconocimiento molecular se basa en la presencia de una molécula (el receptor o "huésped") de un sitio de unión selectiva a otra molécula (el ligando o "huésped"). Para hacer esto, el receptor y el ligando deben exhibir complementariedad, es decir, corresponderse estructural y energéticamente entre sí.
El reconocimiento molecular implica el almacenamiento (a nivel molecular) y la lectura (a nivel supramolecular) de información. Es por eso que juega un papel importante en los sistemas biológicos. En anticuerpos y enzimas , la selectividad de unión está determinada por el conjunto específico y la disposición de los residuos de aminoácidos en el centro activo de la proteína , en el ADN y el ARN, por la secuencia de nucleótidos . Los métodos modernos de química y biología molecular permiten crear secuencias de oligopéptidos y oligonucleótidos (aptámeros ) que pueden unirse de forma muy selectiva a determinadas sustancias.
El reconocimiento molecular subyace al autoensamblaje de algunas nanoestructuras. En particular, la complementariedad de las bases nucleicas se utiliza para diseñar nanoestructuras basadas en fragmentos de ADN.