Caja tata

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La caja TATA ( una caja es una secuencia repetitiva de nucleótidos que forma una señal transcripcional o reguladora), o una caja Hogness  es un motivo de ADN conservador ( elemento regulador cis ) de eucariotas con una secuencia 5' -3' [1] . La caja TATA está ubicada en la región promotora de genes en arqueas y eucariotas [2] aproximadamente 30 nucleótidos antes del sitio de inicio de la transcripción [3] . Por la presencia de la caja TATA, se puede reconocer la cadena molde de ADN que se transcribirá [1] . Se une a los factores de transcripción que atraen la ARN polimerasa al sitio de inicio de la transcripción [1] (por ejemplo, el factor TFIID o el factor TATA [4] ). Por lo tanto, la caja TATA es funcionalmente equivalente a la caja Pribnow en bacterias [5] . TATAAA

Funcionamiento

Normalmente, la caja TATA al comienzo de la transcripción se une a la proteína de unión a TATA (TBP), que desenrolla el ADN. El sitio rico en AT facilita el desenrollado porque los 2 enlaces de hidrógeno en un par А-Тson menos fuertes que los 3 en un par G-C. TBP es una proteína inusual que se une al surco menor del ADN y se compone de láminas β [6] .

La caja TATA se encuentra normalmente en los sitios de unión de la ARN polimerasa II . El factor de transcripción TFIID se une a la caja TATA, y tras él, otro factor de transcripción, TFIIA , se une a su parte superior , y TFIIB se une a su parte inferior . La unión a estos factores también se ve facilitada por el desenrollamiento del ADN inducido por TBP [3] . La ARN polimerasa II reconoce y se une a este complejo multiproteico , acompañado de varios otros factores de transcripción como TFIIF , TFIIE y TFIIH . Esto inicia la transcripción y la ARN polimerasa II se mueve a lo largo de la cadena de ADN, mientras que TFIID y TFIIA permanecen asociados con la caja TATA. En el futuro, esto puede facilitar la unión de moléculas adicionales de ARN polimerasa II. Además, se ha demostrado que la caja TATA puede iniciar la transcripción realizada no solo por la ARN polimerasa II, sino también por la ARN polimerasa III [7] .

Distribución

La caja TATA es un motivo promotor eucariótico muy antiguo y altamente conservado a lo largo de la evolución y el primer motivo de este tipo identificado. Sin embargo, la caja TATA no está muy extendida en los vertebrados [3] . La mayoría de los genes humanos no tienen caja TATA, y en ellos juega su papel el elemento iniciador o un promotor más complejo del tipo CpG . Aproximadamente el 24% de los genes humanos contienen la caja TATA ubicada dentro del promotor central [8] (según otros investigadores, la caja TATA se encuentra en el 10% de los promotores de genes humanos [9] ). Un poco antes, un análisis de cerca de mil genes reveló la presencia de la caja TATA en los promotores del 32% de ellos [10] . Se ha establecido que la caja TATA se distribuye más ampliamente entre los genes implicados en las respuestas celulares y la organogénesis. Aparentemente, los promotores con una caja TATA son característicos de genes específicos de ciertos tipos de células , mientras que los promotores CpG son característicos de genes domésticos [3] .

Véase también

Notas

  1. 1 2 3 Glosario de SCitable: Caja TATA . Consultado el 6 de marzo de 2014. Archivado desde el original el 8 de marzo de 2014.
  2. Smale ST , Kadonaga JT El promotor del núcleo de la ARN polimerasa II.  (Inglés)  // Revisión anual de bioquímica. - 2003. - vol. 72. - Pág. 449-479. -doi : 10.1146 / annurev.biochem.72.121801.161520 . —PMID 12651739 .
  3. 1 2 3 4 Barret et. al., 2013 , pág. cuatro
  4. Konichev, Sevastyanova, 2012 , pág. 265.
  5. Arefiev V. A., Lisovenko L. A. TATA-box // Diccionario explicativo inglés-ruso de términos genéticos. - M. : Editorial VNIRO, 1995. - ISBN 5-85382-132-6 .
  6. Patikoglou GA , Kim JL , Sun L. , Yang SH , Kodadek T. , Burley SK El reconocimiento del elemento TATA por parte de la proteína de unión a la caja TATA se ha conservado a lo largo de la evolución.  (Inglés)  // Genes y desarrollo. - 1999. - vol. 13, núm. 24 . - Pág. 3217-3230. — PMID 10617571 .
  7. Wang Y. , Jensen RC , Stumph WE Papel de la secuencia y orientación de la caja TATA en la determinación de la especificidad de transcripción de la ARN polimerasa II/III.  (Inglés)  // Investigación de ácidos nucleicos. - 1996. - vol. 24, núm. 15 _ - Pág. 3100-3106. — PMID 8760900 .
  8. Yang C. , Bolotin E. , Jiang T. , Sladek FM , Martinez E. Prevalencia del iniciador sobre la caja TATA en genes humanos y de levadura e identificación de motivos de ADN enriquecidos en promotores centrales humanos sin TATA.  (Inglés)  // Gen. - 2007. - vol. 389, núm. 1 . - Pág. 52-65. -doi : 10.1016/ j.gene.2006.09.029 . — PMID 17123746 .
  9. Carninci P. , Sandelin A. , Lenhard B. , Katayama S. , Shimokawa K. , Ponjavic J. , Semple CA , Taylor MS , Engström PG , Frith MC , Forrest AR , Alkema WB , Tan SL , Plessy C. . Kodzius R. , Ravasi T. , Kasukawa T. , Fukuda S. , Kanamori-Katayama M. , Kitazume Y. , Kawaji H. , Kai C. , Nakamura M. , Konno H. , Nakano K. , Mottagui-Tabar S. . , Arner P. , Chesi A. , Gustincich S. , Persichetti F. , Suzuki H. , Grimmond SM , Wells CA , Orlando V. , Wahlestedt C. , Liu ET , Harbers M. , Kawai J. , Bajic VB , Hume DA , Hayashizaki Y. Análisis de todo el genoma de la arquitectura y evolución del promotor de mamíferos.  (Inglés)  // Genética de la naturaleza. - 2006. - vol. 38, núm. 6 _ - Pág. 626-635. -doi : 10.1038/ ng1789 . — PMID 16645617 .
  10. Suzuki Y. , Tsunoda T. , Sese J. , Taira H. , Mizushima-Sugano J. , Hata H. , Ota T. , Isogai T. , Tanaka T. , Nakamura Y. , Suyama A. , Sakaki Y. , Morishita S. , Okubo K. , Sugano S. Identificación y caracterización de las regiones promotoras potenciales de 1031 tipos de genes humanos.  (Inglés)  // Investigación del genoma. - 2001. - vol. 11, núm. 5 . - Pág. 677-684. - doi : 10.1101/gr.164001 . — PMID 11337467 .

Literatura