El MHC de clase III es un grupo de proteínas que pertenecen a la clase del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC). A diferencia de otros tipos de MHC, como el MHC de clase I y el MHC de clase II, cuya estructura y función están bien definidas en la respuesta inmune, el MHC de clase III está pobremente definido estructural y funcionalmente. No participan en la unión al antígeno (un proceso llamado presentación de antígeno, una función clásica de las proteínas MHC). Solo unos pocos de ellos están realmente involucrados en la inmunidad, mientras que muchos de ellos son moléculas de señalización en otras comunicaciones celulares. Se conocen principalmente por sus genes, con una subregión de genes ubicada entre los grupos MHC-I y MHC-II.
El grupo de genes se descubrió cuando se encontraron genes (específicamente los componentes del complemento C2, C4 y el factor B) entre los genes de clase I y clase II en el brazo corto (p) del cromosoma 6 humano. Más tarde se descubrió que contenía muchos genes para varias moléculas de señalización, como los factores de necrosis tumoral (TNF) y las proteínas de choque térmico. Se han descrito más de 60 genes MHC de clase III, que representan alrededor del 28 % del número total de genes MHC (224). La región en el grupo de genes MHC clase III que contiene genes TNF también se conoce como MHC clase VI o región inflamatoria.
A diferencia de otras proteínas MHC, las proteínas MHC de clase III son producidas por células hepáticas ( hepatocitos ) y macrófagos , entre otros.
Los genes del MHC de clase III en humanos se encuentran en el cromosoma 6 (6p21.3). Ocupa 700kb. y contiene 61 genes. El grupo de genes es la región más genética del genoma humano. Son básicamente similares a los de otros animales. Las funciones de muchos genes aún se desconocen. Muchos retrotransposones , como el retrovirus endógeno humano (HERV) y los elementos Alu, están agrupados. Se sabe que la región que contiene los genes G11/C4/Z/CYP21/X/Y, cuyo tamaño oscila entre 142 y 214 kb, es el grupo de genes más complejo del genoma humano.
Los genes MHC clase III son similares en humanos, ratones, ranas (Xenopus tropicalis) y la zarigüeya gris de cola corta, pero no todos los genes son compartidos. Por ejemplo, NCR3, MIC y MCCD1 humanos están ausentes en el ratón. NCR3 y LST1 humanos están ausentes en la zarigüeya. Sin embargo, las aves (pollo doméstico y codorniz) tienen un solo gen que codifica el componente del complemento (C4). En los peces, los genes se distribuyen en diferentes cromosomas.