Las cepas SARS-CoV-2 son variedades del coronavirus SARS-CoV-2 consideradas de particular importancia [1] . La secuencia genética WIV04/2019 es probablemente la cepa original que infecta a los humanos, conocida como "secuencia genética cero" [2] .
Se denotan con las letras del alfabeto griego .
La Organización Mundial de la Salud , tratando de no utilizar la georreferenciación en los nombres de las cepas del nuevo coronavirus [3] , decidió en mayo de 2021 designarlas con las letras del alfabeto griego. Esto excluye los nombres "británico", "brasileño", etc., asociados con los nombres de los países donde se descubrieron por primera vez las cepas correspondientes [4] . En particular, una nueva cepa de SARS-CoV-2 descubierta en noviembre de 2021 se denominó “omicron” [5] .
Al mismo tiempo, se abandonó el uso de las letras " nu " y " xi " [6] : la primera se parece a la palabra inglesa new (nuevo), y la segunda, al apellido chino Xi, que es, en particular, Xi Jinping [7] [8] .
Riesgo: muy alto alto promedio corto
| Nombre | primer descubrimiento | Mutaciones significativas | Cambios clínicos | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| OMS | pangolín | Lugar | la fecha | transmisibilidad | Mortalidad | |
| Beta | B.1.351 | Sudáfrica |
mayo 2020 | N501Y, K417N, E484K | +25% (20-30%) [9] | Posiblemente aumentando |
| épsilon | B.1.427, B.1.429 |
EE.UU |
julio 2020 | +20% (19-24%) | ||
| lambda | C.37 | Perú |
agosto 2020 | |||
| Alfa | B.1.1.7 | Gran Bretaña |
20 de septiembre de 2020 [10] | N501Y, 69-70del, P681H | +29% (24-33%) [9] | +59% (44-74%) |
| Delta | B.1.617.2 | India |
octubre 2020 | L452R... T478K... P681R | +97% (76-117%) [9] [11] | +137% (50-230%) [12] |
| Gama | B.1.1.28 (P.1) |
Brasil |
noviembre 2020 | K417T, E484K, N501Y | +38% (29-48%) [9] | +50% (20-90%) |
| zeta | B.1.1.28 (P.2) |
Brasil |
noviembre 2020 | |||
| iota | B.1.526 | EE.UU |
noviembre 2020 | |||
| esto | B.1.525 | Reino Unido Nigeria |
diciembre 2020 | |||
| Kappa | B.1.617.1 | India |
diciembre 2020 | |||
| Mu | B.1.621 | Colombia |
enero 2021 | |||
| theta | B.1.1.28 (P.3) |
Filipinas |
febrero 2021 | |||
| Omicrón | B.1.1.529 | Sudáfrica Botsuana |
8 de noviembre de 2021 [13] | Aumentado [14] [15] | −75% [16] [Com. una] | |
| Líneas según Rambaut y otros. | Notas sobre Rambaut et al. | Clados Nextstrain | Clados GISAID | Cepas o mutaciones significativas |
|---|---|---|---|---|
| A.1-A.6 | 19B | S | ||
| B.3–B.7 , B.9 , B.10 , B.13 –B.16 | 19A | L | ||
| O | ||||
| B.2 | V | |||
| B.1 | B.1.5–B.1.72 | 20A | GRAMO | El linaje B.1 de Rambaut et al incluye cepas con mutación D614G |
| B.1.9 , B.1.13 , B.1.22 , B.1.26 , B.1.37 | GH | |||
| B.1.3–B.1.66 | 20C | Incluye cepa 501.V2 | ||
| B.1.1 | 20B | GRAMO | Incluye cepa 202012/01 , cepas B.1.1.207 y B.1.1.284 | |
| B.1.177 | 20A.EU1 [17] | VG |
Hay varios miles de cepas del virus SARS-CoV-2 en la naturaleza. Por lo general, se agrupan en grandes grupos llamados clados . Se han propuesto varias nomenclaturas de clados diferentes para el SARS-CoV-2.
A continuación se encuentran las cepas enumeradas por la OMS como motivo de preocupación (Variantes de interés) [18] .
Alfa (línea B.1.1.7)La cepa 202012/01 (VOC-202012/01), anteriormente conocida como la primera cepa bajo revisión en diciembre de 2020 (VUI - 202012/01) y también como linaje B.1.1.7 o 20B/501Y.V1, se detectó por primera vez en Octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior. Desde entonces, sus posibilidades de ser dominante se han duplicado cada 6,5 días (intervalo generacional estimado). Esto se correlaciona con un aumento significativo en la incidencia de COVID-19 en el Reino Unido. Se cree que este aumento se debe, al menos en parte, a un cambio en N501Y dentro del dominio de unión al receptor de la glicoproteína espiga, que se requiere para unirse a ACE2 en células humanas.
Hay algunas pruebas de que esta variante tiene una transmisibilidad aumentada entre un 30% y un 70%, y los estudios preliminares sugieren una mayor letalidad [19] .
El 2 de febrero de 2021, funcionarios británicos informaron que entre 214 000 muestras secuenciadas genéticamente de esta cepa, 11 también tenían la mutación E484K [20] [21] . Una de las mutaciones (N501Y) también está presente en las cepas beta y gamma.
El 31 de mayo de 2021, la Organización Mundial de la Salud anunció que, para uso en comunicaciones públicas, la cepa británica se denominaría "alfa" [22] [23] .
Beta (línea B.1.351)La cepa 501.V2, también conocida como linaje 501.V2, 20C/501Y.V2 o B.1.351, se identificó por primera vez en Sudáfrica según lo informado por el Ministerio de Salud de Sudáfrica el 18 de diciembre de 2020. Los investigadores y los funcionarios informaron que la prevalencia de esta cepa era mayor entre los adultos jóvenes sin ninguna enfermedad subyacente y, en comparación con otras cepas, es más probable que cause una enfermedad grave en esos casos. El Ministerio de Salud de Sudáfrica también indicó que esta cepa puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID-19 en el país debido al hecho de que la cepa se está propagando a un ritmo más rápido que otras cepas anteriores del virus.
Los científicos notaron que esta cepa contiene varias mutaciones que le permiten adherirse más fácilmente a las células humanas. Se trata de tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína espiga del virus: N501Y [24] [25] (en lugar del aminoácido asparagina (N) el aminoácido tirosina (Y) [26] en posición 501), K417N y E484K [27 ] [28] . Dos de estas mutaciones (E484K y N501Y) están en el motivo de unión al receptor (RBM) del dominio de unión al receptor (RBD) [29] .
La nueva cepa fue descubierta por secuenciación del genoma . Varias secuencias genómicas de este linaje han sido enviadas a la base de datos de secuencias de GISAID (Global Initiative on S haring A vian Influenza D ata ) [ en ] , por ejemplo , la secuencia EPI_ISL_678597 30 ] .
El 4 de enero de 2021, The Telegraph informó que el inmunólogo de Oxford, Sir John Bell, cree que la nueva cepa sudafricana plantea una "gran pregunta", ya que podría ser resistente a las vacunas, destruyendo así las esperanzas y reemplazándolas por el miedo [31] . El mismo día, el profesor de vacunología Shabir Madhi le dijo a CBS News que no es seguro que la nueva cepa 501.V2 pueda "pasar por alto" la protección de la vacuna, pero cree que "puede ser menos eficaz" [32 ] . Mutaciones adicionales en la proteína de punta en la cepa 501.V2 fueron citadas por el profesor asociado de microbiología celular de la Universidad de Reading, Simon Clarke, como una preocupación porque "pueden hacer que el virus sea menos susceptible a la respuesta inmune provocada por la vacuna". Lawrence Young, un virólogo de la Universidad de Warwick, también señaló que múltiples mutaciones de picos en esta cepa "pueden resultar en cierto escape de las defensas inmunitarias" [33] .
Ugur Sahin, director ejecutivo de BioNTech , afirmó que se necesita más investigación para asegurarse de que la vacuna actual de la compañía funcione contra la cepa 501.V2; sin embargo, si es necesario ajustar la vacuna, la compañía puede hacerlo en unas 6 semanas [ 34] . El 8 de enero de 2021, The Guardian informó que la vacuna COVID-19 de Pfizer y BioNTech ha demostrado en pruebas que involucran 20 análisis de sangre que es capaz de brindar protección contra la cepa 501.V2. Se necesita más investigación para establecer el grado exacto de protección [35] .
Gamma (línea B.1.1.248)El linaje B.1.1.248 fue descubierto en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID). La nueva cepa se encontró en cuatro personas que llegaron a Tokio desde Amazonas el 2 de enero de 2021. La Fundación Estatal Brasileña Oswaldo Cruz confirmó su suposición de que esta cepa era común en la selva amazónica. Esta cepa de SARS-CoV-2 tiene 12 mutaciones en la proteína espiga, incluidas N501Y y E484K.
Un artículo preliminar de Caroline M. Voloch y otros identificó un nuevo linaje de SARS-CoV-2, 'B.1.1.248', distribuido en Brasil, derivado de la cepa B.1.1.28. Describe que la nueva cepa apareció por primera vez en julio y se detectó por primera vez en octubre, pero en el momento de la publicación (diciembre de 2020), aunque su frecuencia ha aumentado significativamente, su distribución aún se limitaba principalmente a la capital del estado de Río de Janeiro.
Esta cepa provocó un brote en la ciudad de Manaus , a pesar de que la ciudad ya había experimentado una infección masiva en mayo [36] y un estudio mostró [37] una alta prevalencia de serotipos de anticuerpos contra el SARS-CoV-2 [38] .
El 11 de febrero de 2021, el titular del Ministerio de Salud de Brasil, Eduardo Pazuello, anunció que esta cepa es tres veces más infecciosa que el SARS-CoV-2 “original” [39] .
Delta (línea B.1.617.2)En octubre de 2020, el linaje B.1.617.2 se detectó por primera vez en India [40] [41] [42] . En la segunda quincena de abril de 2021, la cepa Indian Delta llegó a Rusia [43] .
El 14 de junio de 2021, se descubrió en India una variante mutada B.1.617.2, que se conoce como AY.1 o variante delta plus [44] . "Delta plus" se distingue por la presencia de la mutación K417N en la proteína espiga, que puede reducir la actividad de los anticuerpos en personas recuperadas y vacunadas [45] . El Ministerio de Salud de la India ha nombrado tres características de "delta plus": mayor contagiosidad, mayor capacidad para unirse a los receptores de las células pulmonares y posible resistencia a la terapia con anticuerpos monoclonales [46] .
En octubre de 2021, mientras seguían la evolución de la cepa delta, los virólogos británicos descubrieron una nueva cepa, AY.4.2, que es más contagiosa que las cepas anteriores. AY.4.2 es 10-15% más infeccioso que la cepa delta. En el Reino Unido, representa uno de cada diez casos de infección por coronavirus en el país [47] [48] .
Omicron (línea B.1.1.529)En noviembre de 2021, se detectó por primera vez el linaje B.1.1.529 en Botswana y Sudáfrica. Difiere en un gran número de mutaciones en cenizas -metros [49] . Según la Autoridad de Seguridad Sanitaria del Reino Unido, esta variante tiene una proteína de punta que es significativamente diferente a la del coronavirus original (la variante en la que se basan las vacunas), lo que genera preocupación sobre la eficacia de las vacunas existentes. El descubrimiento de una nueva cepa provocó el pánico mundial el 26 de noviembre de 2021. Muchos países han suspendido los viajes desde Sudáfrica y los mercados bursátiles de ambos lados del Atlántico han experimentado sus peores caídas en más de un año [50] . El primer ministro británico, Boris Johnson, anunció que el país está introduciendo una prueba de PCR obligatoria para todos los que ingresen al país y el autoaislamiento hasta que se obtenga un resultado negativo. También se introduce el aislamiento obligatorio de diez días para aquellos que se sospecha que están infectados con la cepa omicron [51] .
A continuación se muestran las cepas enumeradas por la OMS como variantes de interés [18] .
Lambda (línea C.37)En agosto de 2020, el linaje C.37 se detectó por primera vez en Perú [52] . En junio de 2021, en Perú, la cepa lambda representó el 81% de todos los casos notificados en el país. En Argentina y Chile, la proporción de "lambda" es de alrededor de un tercio [53] .
La línea B.1.525, también conocida como VUI-202102/03 o UK1188, es parcialmente similar a la cepa 501.V2, pero difiere en la presencia tanto de la mutación E484K como de la nueva mutación F888L (sustitución de fenilalanina (F) por leucina ( L) en la proteína del pico del dominio S2). Hasta el 16 de febrero, la cepa se ha detectado en 15 países, incluidos Reino Unido, Dinamarca, Finlandia, Países Bajos, Bélgica, Francia, España, Nigeria, Ghana, Jordania, Japón, Singapur, Australia, Canadá y Estados Unidos. Los primeros casos se identificaron en diciembre de 2020 en el Reino Unido y Nigeria y, a partir del 15 de febrero, esta es la cepa aislada con mayor frecuencia en Nigeria. Hasta el 15 de febrero, se han identificado 38 casos de infección en el Reino Unido. Dinamarca identificó 55 casos de infección con esta cepa del 14 de enero al 9 de febrero, siete de ellos directamente relacionados con viajes al extranjero.
Expertos británicos están estudiando los riesgos asociados con esta cepa. Actualmente se considera una "cepa bajo investigación", pero a medida que se disponga de más datos, puede convertirse en una "cepa de preocupación". El profesor Ravi Gupta de la Universidad de Cambridge le dijo a la BBC que B.1.525 parece tener "mutaciones significativas" que ya se han visto en algunas otras cepas nuevas, lo que es algo tranquilizador ya que su efecto probable es hasta cierto punto más predecible.
Las mutaciones en esta cepa incluyen E484K, una deleción en las posiciones 69-70, nuevas mutaciones Q677H (glutamina a histidina en la posición 677) y F888L (fenilalanina a leucina en la posición 888) [54] .
Grupo 5El grupo 5, también llamado ΔFVI-spike por el Danish Serum State Institute (SSI) , se encontró en el norte de Jutlandia , Dinamarca . Se cree que se transmitió de los visones a las personas en las granjas de visones. El 4 de noviembre de 2020, se anunció que se sacrificaría la población de visones de Dinamarca para evitar la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que se produzcan nuevas mutaciones. Se han establecido bloqueos y restricciones de viaje en siete municipios del norte de Jutlandia para evitar la propagación de una mutación que podría poner en peligro la eficacia de las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19.
La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha declarado que el grupo 5 tiene "sensibilidad moderadamente reducida a los anticuerpos neutralizantes". SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque es poco probable que las inutilice.
Después de la cuarentena y las pruebas masivas, SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que el grupo 5 probablemente se haya extinguido [55] .
D614G es una mutación que afecta a la proteína espiga del SARS-CoV-2. La cepa G ( glicina en la posición 614) aumentó durante la pandemia, probablemente después de originarse inicialmente en China y luego propagarse a Italia en enero y desde allí a todo el mundo. G ha reemplazado a D ( ácido aspártico ) en muchos países, especialmente en Europa, y un poco más lentamente en China y el resto del este de Asia, lo que respalda la hipótesis de que G aumenta la tasa de transmisión, en consonancia con títulos virales más altos e infectividad in vitro . 56] .
En julio de 2020, se informó que la cepa D614G más contagiosa del SARS-CoV-2 se había convertido en la forma dominante de la pandemia [57] [58] [59] .
La prevalencia global de D614G se correlaciona con la prevalencia de la pérdida del olfato ( anosmia ) como síntoma de COVID-19, posiblemente mediada por una mayor unión de esta cepa al receptor ACE2 o una mayor estabilidad de la proteína correspondiente y, por lo tanto, una mayor infectividad en el olfato. epitelio [60] .
Los virus que contienen la mutación G son considerados por GISAID como parte del clado G [56] , y con la ayuda de[ aclarar ] PANGOLIN ( Asignación filogenética de edades de LIN de brote global con nombre ) : pertenece al clado B1 [61] .
Se informa que E484K es una mutación que confiere resistencia a al menos una forma de anticuerpos monoclonales anti-SARS-CoV-2, lo que indica un "posible cambio en la antigenicidad". Las cepas B.1.1.248 (Brasil/Japón) y 501.V2 (Sudáfrica) contienen esta mutación. El nombre de la mutación, E484K, denota el reemplazo del ácido glutámico (E) con lisina (K) en la posición de aminoácido 484. Se informa que los anticuerpos monoclonales y séricos son de 10 a 60 veces menos efectivos para neutralizar el virus que porta la mutación E484K. [62] [63] .
N501Y representa un cambio de asparagina (N) a tirosina (Y) en la posición de aminoácido 501. Public Health England considera que este cambio aumenta la afinidad de unión al receptor debido a su posición dentro del dominio de unión al receptor de la glucoproteína espiga, que se une al receptor ACE2 en células humanas; los datos también apoyan la hipótesis de una mayor afinidad de unión como resultado de este cambio. Las cepas con N501Y incluyen B.1.1.248 (Brasil/Japón), "cepa preocupante" 202012/01 (Reino Unido), 501.V2 (Sudáfrica) y la cepa de Columbus, Ohio, que se convirtió en la forma dominante del virus en Columbus. a finales de diciembre de 2020 y en enero. Esta última se denominó COH.20G/501Y y parece haber evolucionado independientemente de otras cepas.
El 26 de enero de 2021, el gobierno británico dijo que compartiría sus capacidades de secuenciación del genoma con otros países para aumentar la velocidad de secuenciación y rastrear nuevas cepas [64] . En enero de 2021, más de la mitad de toda la secuenciación del genoma de la COVID-19 se realizó en el Reino Unido [65] .
Un estudio preliminar realizado por Pfizer, Inc. mostró que solo hubo una ligera disminución en la efectividad de su vacuna de ARNm contra nuevas cepas de SARS-CoV-2 [66] . Según un artículo publicado el 28 de enero de 2021 en el sitio web de los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU., la aparición de cepas mutantes que eluden por completo la respuesta inmunitaria se considera improbable debido a la naturaleza del virus [67] .
Posiblemente, la inmunidad de células T pueda ser una solución al problema de la eficacia reducida de las vacunas contra nuevas cepas. La empresa de biotecnología Gritstone Oncology de Emeryville, California, EE. UU., está desarrollando una vacuna diseñada específicamente para inducir inmunidad de células T [68] . La vacuna peptídica que está desarrollando la Universidad de Tübingen en Alemania intenta inducir inmunidad de células T en lugar de anticuerpos [69] .
El 29 de enero de 2021, la diputada de la Duma de la ciudad de Moscú, Daria Besedina , se dirigió al Ministro de Salud de la Federación Rusa con una solicitud para financiar el estudio de nuevas cepas y realizar estudios sobre la efectividad de las vacunas rusas contra estas cepas [70][ significado del hecho? ] . El 10 de febrero de 2021, la Agencia Europea de Medicamentos emitió un llamamiento similar a los fabricantes de vacunas [71] . El 15 de febrero, el presidente ruso, Vladimir Putin, ordenó al gobierno implementar la secuenciación del genoma de las cepas rusas de SARS-CoV-2 dentro de un mes, asignar fondos para estos estudios y también verificar si las vacunas rusas contra las nuevas cepas son efectivas [72] .
El 19 de febrero de 2021, Pfizer anunció que su vacuna produce aproximadamente un 66 % menos de anticuerpos activos contra la cepa sudafricana 501.V2 en comparación con la cepa "clásica", mientras que el sistema inmunitario aún puede neutralizar con éxito el virus [73] .
Los datos del Ministerio de Salud de Israel de julio de 2021 indican una disminución de la eficacia de la vacuna de la empresa estadounidense Pfizer al 39 % en el mes en la prevención de la infección por la cepa delta del coronavirus, pero la vacuna sigue protegiendo al 88 % de hospitalización y el 91,4% de casos graves de la enfermedad. [74]